对接基础问题汇总

lyn3400189 · 发表于 2017-6-3 10:21:35

金属酶怎么对接？可以在蛋白PDB文件中改动吗

lyn3400189 · 发表于 2017-6-3 10:26:28

我的酶PDB结构里含有两个金属离子，其中有铬离子，然后我按照教程去做的时候说要添加铬离子的参数，能帮忙解答一下吗我还看到论坛有关于金属酶的对接操作了下没成功

小崔 · 发表于 2017-11-21 13:46:17

杨梓煜发表于 2017-1-4 17:29
您好，老师让我做分子对接，我们这没人做个，我想知道我首先需要下载哪几个软件啊？用autodock对接。万分感 ...

哪个学校？

SuperQ · 发表于 2018-9-5 21:13:26

shouzhangxin 发表于 2015-1-20 15:08
你好，请教一下在配体 pdb文件产生pdbqt文件时配体中出现化学键断裂的问题是什么原因？配体pdb文件是从gau ...

你可以试试先做一个能量优化，再导入。比如MM+这类的

xufund · 发表于 2018-10-3 07:48:23

学习了。谢谢！

李润泽 · 发表于 2019-3-26 08:44:09

请问各位大神，两个配体结构相差不大，对接结果类似，但是实际检测的生化活性相差较大。如何评价对接结果与实际生化活性之间的关系？

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