gromacs如何分析小分子分别与受体蛋白的某几个残基的相互...

jerrysky2011

wangqiang306 发表于 2012-11-22 09:36

                               
登录/注册后可看大图

你好像没有分group，分好的话会出现两个group之间的项。。
计算两个group间的相互作用
1.make_ndx -f a.g ...

1  G96Angle         2  Proper-Dih.      3  Improper-Dih.    4  LJ-14         
  5  Coulomb-14       6  LJ-(SR)          7  Disper.-corr.    8  Coulomb-(SR)  
  9  Coul.-recip.    10  Position-Rest.  11  Potential       12  Kinetic-En.   
13  Total-Energy    14  Conserved-En.   15  Temperature     16  Pres.-DC      
17  Pressure        18  Constr.-rmsd    19  Vir-XX          20  Vir-XY        
21  Vir-XZ          22  Vir-YX          23  Vir-YY          24  Vir-YZ        
25  Vir-ZX          26  Vir-ZY          27  Vir-ZZ          28  Pres-XX      
29  Pres-XY         30  Pres-XZ         31  Pres-YX         32  Pres-YY      
33  Pres-YZ         34  Pres-ZX         35  Pres-ZY         36  Pres-ZZ      
37  #Surf*SurfTen   38  Mu-X            39  Mu-Y            40  Mu-Z         
41  Coul-SR:a_556-797-a_556-797         42  LJ-SR:a_556-797-a_556-797         
43  Coul-14:a_556-797-a_556-797         44  LJ-14:a_556-797-a_556-797         
45  Coul-SR:a_556-797-r_306-318         46  LJ-SR:a_556-797-r_306-318         
47  Coul-14:a_556-797-r_306-318         48  LJ-14:a_556-797-r_306-318         
49  Coul-SR:a_556-797-rest              50  LJ-SR:a_556-797-rest              
51  Coul-14:a_556-797-rest              52  LJ-14:a_556-797-rest              
53  Coul-SR:r_306-318-r_306-318         54  LJ-SR:r_306-318-r_306-318         
55  Coul-14:r_306-318-r_306-318         56  LJ-14:r_306-318-r_306-318         
57  Coul-SR:r_306-318-rest              58  LJ-SR:r_306-318-rest              
59  Coul-14:r_306-318-rest              60  LJ-14:r_306-318-rest              
61  Coul-SR:rest-rest                   62  LJ-SR:rest-rest                  
63  Coul-14:rest-rest                   64  LJ-14:rest-rest                  
65  T-Protein                           66  T-non-Protein                     
67  Lamb-Protein                        68  Lamb-non-Protein
这里面的Coul-SR、Coul-14、LJ-SR和LJ-14是神马意思啊！~  
不过好像有结果了耶！~！Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift
-------------------------------------------------------------------------------
LJ-14                       829.329         21    78.1094   -126.909  (kJ/mol)
Coulomb-14                  39602.9         12    101.897   -49.0622  (kJ/mol)
LJ (SR)                      275508         27    1354.38   -54.6437  (kJ/mol)
Disper. corr.              -6945.99          1    9.72831    -3.3995  (kJ/mol)
Coulomb (SR)             -1.69659e+06         78    2060.01   -493.158  (kJ/mol)
Coul-SR:a_556-797-r_306-318   -71.1835        2.7    22.6513    10.5699  (kJ/mol)
Coul-14:a_556-797-r_306-318          0          0          0          0  (kJ/mol)

wangqiang306

Coul-SR、Coul-14  库仑力
LJ-SR和LJ-14 全程是Lennard- Jones  范德华作用。具体的百度吧