gromacs如何分析小分子分别与受体蛋白的某几个残基的相互...

天理-小新

gromacs如何分析小分子分别与受体蛋白的某几个残基的相互能？只知道要先make_ndx，在mdp文件的energy_grps加入要分析的组，然后mdrun -rerun，那位对这方面比较熟悉的，把过程写具体点吧，谢谢！

zhangyforever

搬个凳子，坐等大神

Babyblue

关于小分子与几个具体氨基酸的相互作用计算大致可以有以下几种方法：

这里只说方法

第一：,AMBER
这点不需要解释了。amber自带的MMPBS/GBSA非常方面，可以计算到具体的氨基酸相互作用，而且包括溶剂效应能

第二：GMX
GMX也可以计算小分子与氨基酸的相互作用，但这里只是气相能，具体说来包括Vdw和Ele，具体做法是用make_ndx命令把所要研究的氨基酸划归为一个grounp，然后再mdp文件里有个energygrounp控制能量输出选项，写上要感兴趣的2个grounp，让其输出的之间的相互作用能，在mdrerun来控制从新跑动力学，在原有的轨迹基础之上，很快!也可以去除水分子来从跑，速度更快！这样就得到想要计算的小分子和感兴趣的氨基酸之间的相互作用了！可以定性的说明一些问题。

第三：VMD
VMD可以借助NAMD2插件，来算小分子与氨基酸之间的相互作用，这个方法也比较简单，结果也是很粗糙，勉强可以定性的说明问题。

希望对你的问题有所帮助！

天理-小新

恩，谢谢

jerrysky2011

请问三楼的那个GMX用make_ndx命令把所要研究的氨基酸划归为一个grounp，然后再mdp文件里有个energygrounp控制能量输出选项，写上要感兴趣的2个grounp，这个方法具体要怎么操作？那2个grounp是每个grounp只能定义一个原子还是可以定义很多个，只要一一对应就好了!~我曾经写过这2个grounp的TXT文件，但是运行不成功，不知道问题出在哪里！~

wangqiang306

jerrysky2011 发表于 2012-11-19 09:40

                               
登录/注册后可看大图

请问三楼的那个GMX用make_ndx命令把所要研究的氨基酸划归为一个grounp，然后再mdp文件里有个energygrounp控 ...

g_energy来分析mdreruns 所得能量
g_energy -f ener.edr -skip 50 -o totalenergy.xvg

jerrysky2011

嗯，好的。谢谢楼上的！~我先试试！~

jerrysky2011

wangqiang306 发表于 2012-11-19 09:45

                               
登录/注册后可看大图

g_energy来分析mdreruns 所得能量
g_energy -f ener.edr -skip 50 -o totalenergy.xvg

您好！~我按照你说的操作了，g_energy -f ener.edr -skip 50 -o totalenergy.xvg这个输出后我改选择哪个呢？
1  G96Angle         2  Proper-Dih.      3  Improper-Dih.    4  LJ-14         
  5  Coulomb-14       6  LJ-(SR)          7  Disper.-corr.    8  Coulomb-(SR)  
  9  Coul.-recip.    10  Potential       11  Kinetic-En.     12  Total-Energy  
13  Temperature     14  Pres.-DC        15  Pressure        16  Constr.-rmsd  
17  Box-X           18  Box-Y           19  Box-Z           20  Volume        
21  Density         22  pV              23  Enthalpy        24  Vir-XX        
25  Vir-XY          26  Vir-XZ          27  Vir-YX          28  Vir-YY        
29  Vir-YZ          30  Vir-ZX          31  Vir-ZY          32  Vir-ZZ        
33  Pres-XX         34  Pres-XY         35  Pres-XZ         36  Pres-YX      
37  Pres-YY         38  Pres-YZ         39  Pres-ZX         40  Pres-ZY      
41  Pres-ZZ         42  #Surf*SurfTen   43  Box-Vel-XX      44  Box-Vel-YY   
45  Box-Vel-ZZ      46  Mu-X            47  Mu-Y            48  Mu-Z         
49  T-Protein                           50  T-non-Protein                     
51  Lamb-Protein                        52  Lamb-non-Protein，麻烦您帮忙解答哦！~！

wangqiang306

jerrysky2011 发表于 2012-11-21 16:01

                               
登录/注册后可看大图

您好！~我按照你说的操作了，g_energy -f ener.edr -skip 50 -o totalenergy.xvg这个输出后我改选择哪个 ...

你好像没有分group，分好的话会出现两个group之间的项。。
计算两个group间的相互作用
1.make_ndx -f a.gro -o 1.ndx
把两个组分选出来   A B
改mdp文件
增加energygrps=  A B
grompp -f md-eq2.mdp -c a.gro -p t37.top -o 37-i.tpr -n 1.ndx
mpirun -np 8 mdrun_p -v -s 37-i.tpr -rerun 37.trr
选择能量的话，一般是选择4,5,6,8项。4一般为零，所以5,6,8就可以了

jerrysky2011

wangqiang306 发表于 2012-11-22 09:36

                               
登录/注册后可看大图

你好像没有分group，分好的话会出现两个group之间的项。。
计算两个group间的相互作用
1.make_ndx -f a.g ...

非常感谢！~我定义的组是错了，今天改正了下，希望能够运行！~！非常感谢你的帮助