antechamber出错求解

小草

antechamber出错，求高手指点，谢啦
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Warning: the assigned bond types may be wrong, please :
(1) double check the structure (the connectivity) and/or
(2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or
(3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c
   
Error: cannot run "/usr/local/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit
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小草

看来确实像是结构不对，没加氢的缘故。。现在的问题变成为什么reduce 不能加氢？

墨竹晓风

什么叫reduce不能加H？

小草

墨竹晓风 发表于 2013-3-10 18:43

                               
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什么叫reduce不能加H？

啊，是本该加上的没加上。。

墨竹晓风

最大的可能还是结构不正确，或者有不能识别的原子

小草

墨竹晓风 发表于 2013-3-11 10:44

                               
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最大的可能还是结构不正确，或者有不能识别的原子

谢啦，可是我要怎么看它能识别什么原子呢？

墨竹晓风

小草 发表于 2013-3-11 14:37

                               
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谢啦，可是我要怎么看它能识别什么原子呢？

tleap的时候注意看每一步的输出，有没有报错

wendy

用gaussview好好检查一下，有的时候H加的不对

wangyantcclab

也曾经遇到过用AMBER的reduce加不上氢的情况。可以这么处理：把你要用antechamber读取GAFF力场的小分子，可以用PRODRG事先处理一下，处理之后会生成带标准全氢的小分子PDB结构，而且这么做原子类型不被amber识别的几率比较低。

tangshushu

wangyantcclab 发表于 2013-4-1 08:44
也曾经遇到过用AMBER的reduce加不上氢的情况。可以这么处理：把你要用antechamber读取GAFF力场的小分子，可 ...

请问prodrg是什么，怎么用它处理啊。我现在也是用tleap生成拓扑和坐标文件生成不起来，out文件里，总是在识别小分子时候说识别不了，出现fatal。求告知一下多谢多谢多谢