AutoDock第二版电子教程更新活动，欢迎大家踊跃报名参加！

川大-灰太狼 · 发表于 2013-2-20 12:28:38

zhoumin 发表于 2013-2-17 08:56

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我报名参加，兄弟带我一个啊

呵呵欢迎加入！等筹备好后就联系你：）

sudaywch59 · 发表于 2013-2-20 14:21:33

准备学习AD,来冒个泡,谢谢群里热心的朋友!

川大-灰太狼 · 发表于 2013-2-21 13:37:37

sudaywch59 发表于 2013-2-20 14:21

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准备学习AD,来冒个泡,谢谢群里热心的朋友!

呵呵欢迎，有什么心得，无论大小都可以在这里和大家讨论和分享，相互帮助共同进步！

victory_liu · 发表于 2013-8-26 15:47:46

本帖最后由 victory_liu 于 2013-8-26 16:41 编辑

我只能提个问，

配体和受体文件准备及注意事项，加何种氢，何种电荷
autodock4.X，3.x以及vina各个版本的区别

川大-灰太狼 · 发表于 2013-8-27 08:59:22

victory_liu 发表于 2013-8-26 15:47

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我只能提个问，
配体和受体文件准备及注意事项，加何种氢，何种电荷
autodock4.X，3.x以及vina各个版本 ...

1、加氢。从AD的教程来看，应该是首先加全氢，再添加电荷，最后合并非极性氢，留下的只是极性氢。
2、电荷。MGLTools工具里面的电荷都可以，根据你的具体体系选择。
3、AD4 和AD3 在遗传算法上有不同，AD4采用了拉马克遗传算法，AD3是一般的遗传算法，二者都用于单个精确的分子对接；而vina则是简化版的AD4，为了减少虚拟筛选的时间，用于大批量的分子对接型的虚拟筛选。

victory_liu · 发表于 2013-8-27 09:43:48

川大-灰太狼发表于 2013-8-27 08:59

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1、加氢。从AD的教程来看，应该是首先加全氢，再添加电荷，最后合并非极性氢，留下的只是极性氢。
2、电 ...

谢谢斑竹的回复
对我这样的初学者还有以下的疑问，若有时间，能否帮忙解答

配体：加全氢保存PDBQT文件时，会自动合并非极性氢并加Gasteiger电荷，这里是否真的自动加上了G电荷，如何知道呢？若手动加edit--charge-compute Gasteiger是这样操作么？可否加极性氢，然后加kollman电荷呢？为什么？

受体：有两种做法1）加全氢后，保存PDBQT文件时，同样自动加Gasteiger电荷（怎样知道是否已加上电荷，手动加的话，是不是edit--charge-compute Gasteiger，这样操作，如何知道加上了电荷）；2）加极性氢，加kollman电荷，看《蛋白质结构预测》上说，Gasteiger电荷只能用于加全氢的对象。这里有两个问题，G电荷和K电荷的区别是什么？如果用3.0，4.0，4.2版本的autodock对接，分别加哪种电荷比较合适？

javacfish · 发表于 2013-9-1 21:15:19

先报个名参加一下：
http://bioms.org/thread-771-1-1.html
这是我写的一个帖子，我组建的这个网格还可以做autodock的筛选。
加油！
谢谢！

川大-灰太狼 · 发表于 2013-9-2 08:43:31

javacfish 发表于 2013-9-1 21:15

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先报个名参加一下：
http://bioms.org/thread-771-1-1.html
这是我写的一个帖子，我组建的这个网格还可以做 ...

久仰大名！呵呵，非常感谢你的支持与参与。

徐晓亮12134 · 发表于 2014-7-19 10:50:56

新手支持

fuxufeng100 · 发表于 2015-3-28 12:23:11

我想做蛋白---蛋白对接，但是现在在参数设置上有问题，恳请大家能给几个实例做参考，多谢大家了

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