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[原创] 使用MolGridCal来实现网格虚拟筛选药物

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发表于 2013-8-30 09:26:33 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 javacfish 于 2014-8-31 20:51 编辑

大家好,
今天介绍一个网格虚拟筛选的软件MolGridCal(https://molgridcal.codeplex.com)和JPPF (www.jppf.org).
使用网格做虚拟筛选可以有以下几个优点:
1) 通过建立服务器和节点之间的关系,充分利用电脑资源。
2) 可以利用电脑屏保时候的资源,也就是说,如果有鼠标和键盘的点击,任务就会被终止,并且分配到其他格点上进行计算。

下面快速介绍MolGridCal的使用方法,官方网站的教程,并没有完全的文件,我上传了一个涉及的全部软件:
http://pan.baidu.com/share/link?shareid=558086428&uk=3710850057

1.      下载MolGridCal: https://molgridcal.codeplex.com
2.      下载其它涉及的全部软件:
3.      配置JDK和ant编译的环境
解压文件,打开目录:MolGridCal_tutorial\02-soft\JDK&&ANT
JDK在windows下直接双击,然后按照英文教程配置路径即可:
我的电脑---属性---高级---环境变量

1.jpg

找到Path, 加入:
;C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_02\bin;C:\ProgramFiles\Java\jre7\bin;D:\Program Files\ant\bin
同样创建JAVA_HOME变量,然后输入:;C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_02
JAVA_HOME是必须的,因为ant需要

2.jpg

找到或者直接添加CLASSPATH
;C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_02\lib;C:\ProgramFiles\Java\jre7\lib;D:\Program Files\ant\lib

在linux解压后,修改根目录下的文件.bashrc,按照英文教程直接配置路径即可:
提供个修改的例子,按照下面修改即可:
  1. export JAVA_HOME=/home/tim/bai/soft/jdk7  ###(你安装的JDK路径)
  2. export ANT=/home/tim/bai/soft/ant192        ###(你安装的ANT路径)
  3. export PATH=$ANT/bin:$JAVA_HOME/bin:$JAVA_HOME/jre/bin:$PATH
  4. export LD_LIBRARY_PATH=$ANT/lib:$JAVA_HOME/lib:$JAVA_HOME/jre/lib:$JAVA_HOME/jre/lib/amd64:$LD_LIBRARY_PATH
复制代码

检查环境变量是否配置好,直接在终端或DOS窗口输入。(windows打开DOS终端的第一种方法是:开始---程序---附件---命令提示符。第二种方法是:开始---运行---输入cmd,然后回车即可
###> java -version
###> ant -version
看显示的版本是否和按照的一致,如果一致,说明按照成功。

说明:配置JAVA环境是必须的,因为node, server和MolGridCal都是用JAVA编写的。

4.      配置FTPserver
直接打开MolGridCal_tutorial\02-soft\ftpserver,值得注意的是安全问题,从fepserver/res/conf/中找到users.properties,配置users.properties的时候一定要把超级用户(admin)的密码给改了,这次FTP的本地密码使用MD5 加密:http://www.iwebtool.com/md5,然后根据需要设置自己想要的密码和用户.

user.jpg


 楼主| 发表于 2013-8-30 09:38:17 | 显示全部楼层
本帖最后由 javacfish 于 2013-8-30 23:47 编辑

弄好之后,直接运行:
##> bin/ftpd.sh    res/conf/ftpd-typical.xml
windows下:
##> bin\ftpd.bat    res\conf\ftpd-typical.xml
就可以直接启动FTP了。设置好用户名和密码后,先测试一下能否能录FTP,比如输入你机器的IP地址ftp://xxxxx:2121,然后按照提示输入密码看是否能登录,如果能登录FTP才可以进入下一部。
FTP的功能是收集和传输数据

5.      JPPF-server 和 nodes的设置就简单了,只要第一步的java运行环境设置好了,打开目录:MolGridCal_tutorial\02-soft\driver31和MolGridCal_tutorial\02-soft\node31
windows下启动DOS窗口,切换到它们的目录下面,直接运行命令:
##> ant
就可以启动server和nodes了.
Linux下打开终端,同样打开终端,运行
##> ant
就可以启动server或nodes了.
本次就使用和启动一个server,然后让很多nodes连接到server上

6.      运行MolGridCal
下载得到MolGridCal之后,运行方式和运行server和node是一样的,直接在终端或者DOS窗口:
##> ant

在运行前一定要配置好MolGridCal运行的参数文件:“parameter.mgc”(就在MolGridCal的路径下面)
Ipaddress           202.201.5.95    ------建立的FTP地址
IpPort                2121                -------建立的FTP的端口
User                   gridfvs             -------建立的FTP用户名
Password            gridfvs709        -------建立的FTP密码
Downloaddir        /VS1/ligands    -------FTP上用于对接的目录,一般在res/home目录下
UploadDir           /VS1/result       -------FTP上用于收集数据的目录
# The line show program run as below
Token               ZINC                -------标识符,用于快速删除分子
Program            Autodock_Vina  -------使用的程序名称,这次使用的是VINA
Command            vina                -------程序运行的命令

如果能顺利通过,你就可以开始网格虚拟筛选。好运!
本次中文教程,仅仅是为了加快MolGridCal教程的学习,如果要部署计算网格,强烈建议官方英文教程,设置证书验证(SSL)和密码. 同时做好预算,如果你的网费是按流量算的,要做好预算,或者组建内网网格。

更多相信的教程,请参考官方网址:https://molgridcal.codeplex.com/

评分

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dejunchem + 20 很给力!

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发表于 2013-9-11 19:15:58 | 显示全部楼层
好东西啊~谢谢JAVA兄!
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