gromacs进行膜蛋白模拟时grompp出现fatal error：unknow atomtypes OW

wangpengfei

疯狂的鬼马 发表于 2017-1-12 10:10
我还想请教一个问题 就是在进行蛋白质在磷脂膜中最小化的时候，出现下面的报错
Water molecule starting ...

mdh文件加口令
-define = -DFLEXIBLE

疯狂的鬼马

rosmarin 发表于 2017-1-13 23:57
你这个报错真的是跑minimization的时候的，还是约束平衡的时候？

先检查是不是这个水出现在了不该出现的 ...

跑最小化的时候，报错的水分子在膜的两边，删了这个水分子之后，报错又依次移向了下一个水分子，我是用的1fs的步长呀

疯狂的鬼马

wangpengfei 发表于 2017-1-14 14:25
mdh文件加口令
-define = -DFLEXIBLE

谢谢大神 加了之后就可以了

rosmarin

如果你用的是比较新的gromacs的版本的话，应该是用不到这个选项的。Anyway，能跑起来就好，这个选项只能用在最小化的时候。

疯狂的鬼马

rosmarin 发表于 2017-1-14 23:06
如果你用的是比较新的gromacs的版本的话，应该是用不到这个选项的。Anyway，能跑起来就好，这个选项只能用 ...

我用的gmx5 好像要这个选项才能跑

wangpengfei

rosmarin 发表于 2017-1-14 23:06
如果你用的是比较新的gromacs的版本的话，应该是用不到这个选项的。Anyway，能跑起来就好，这个选项只能用 ...

5.1.4仍会出现该问题，只是与跑的系统有关，不是每次都会出现