gromacs进行膜蛋白模拟时grompp出现fatal error：unknow atomtypes OW

疯狂的鬼马 · 发表于 2016-12-30 17:00:50

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求大神指教进行膜蛋白模拟时用的上传了自己加了磷脂膜的力场出现如下错误Fatal error:
Unknown atomtype OW

请问是力场问题吗

rosmarin · 发表于 2017-1-13 23:57:41

疯狂的鬼马发表于 2017-1-12 10:10
我还想请教一个问题就是在进行蛋白质在磷脂膜中最小化的时候，出现下面的报错
Water molecule starting ...

你这个报错真的是跑minimization的时候的，还是约束平衡的时候？

先检查是不是这个水出现在了不该出现的地方，比如binding site或者在膜中间；如果不是就是你系统没平衡好，用1 fs步长，约束蛋白质的情况下再多跑几步

疯狂的鬼马 · 发表于 2017-1-14 16:21:56

rosmarin 发表于 2017-1-13 23:57
你这个报错真的是跑minimization的时候的，还是约束平衡的时候？

先检查是不是这个水出现在了不该出现的 ...

跑最小化的时候，报错的水分子在膜的两边，删了这个水分子之后，报错又依次移向了下一个水分子，我是用的1fs的步长呀

疯狂的鬼马 · 发表于 2017-1-12 10:10:21

puzhongji 发表于 2017-1-9 10:13
认真看教程2

我还想请教一个问题就是在进行蛋白质在磷脂膜中最小化的时候，出现下面的报错
Water molecule starting at atom 16462 can not be settled.
这个可能是什么原因啊

rosmarin · 发表于 2017-1-4 06:38:31

是力场问题，你需要把你所用的力场、top文件、gro文件和你所用的命令告诉大家，才有人可以给你准确的解答

puzhongji · 发表于 2017-1-9 10:10:52

认真考教程2吧

puzhongji · 发表于 2017-1-9 10:13:08

认真看教程2

qshenlove · 发表于 2017-1-9 15:11:06

你修改力场的时候有错误，仔细核对gromacs教程吧

疯狂的鬼马 · 发表于 2017-1-12 10:03:50

qshenlove 发表于 2017-1-9 15:11
你修改力场的时候有错误，仔细核对gromacs教程吧

好的

已解决是ffnonbound文件中HW的修改问题

疯狂的鬼马 · 发表于 2017-1-12 10:04:19

puzhongji 发表于 2017-1-9 10:10
认真考教程2吧

okok 谢谢

疯狂的鬼马 · 发表于 2017-1-12 10:05:14

rosmarin 发表于 2017-1-4 06:38
是力场问题，你需要把你所用的力场、top文件、gro文件和你所用的命令告诉大家，才有人可以给你准确的解答 ...

get get 多谢指导

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[Gromacs] gromacs进行膜蛋白模拟时grompp出现fatal error：unknow atomtypes OW