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[提问] gromacs进行膜蛋白模拟时grompp出现fatal error:unknow atomtypes OW

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发表于 2016-12-30 17:00:50 | 显示全部楼层 |阅读模式

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求大神指教 进行膜蛋白模拟时 用的上传了自己加了磷脂膜的力场 出现如下错误Fatal error:
Unknown atomtype OW

请问是力场问题吗

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发表于 2017-1-13 23:57:41 | 显示全部楼层
疯狂的鬼马 发表于 2017-1-12 10:10
我还想请教一个问题 就是在进行蛋白质在磷脂膜中最小化的时候,出现下面的报错
Water molecule starting ...

你这个报错真的是跑minimization的时候的,还是约束平衡的时候?

先检查是不是这个水出现在了不该出现的地方,比如binding site或者在膜中间;如果不是就是你系统没平衡好,用1 fs步长,约束蛋白质的情况下再多跑几步
 楼主| 发表于 2017-1-14 16:21:56 | 显示全部楼层
rosmarin 发表于 2017-1-13 23:57
你这个报错真的是跑minimization的时候的,还是约束平衡的时候?

先检查是不是这个水出现在了不该出现的 ...

跑最小化的时候,报错的水分子在膜的两边,删了这个水分子之后,报错又依次移向了下一个水分子,我是用的1fs的步长呀
 楼主| 发表于 2017-1-12 10:10:21 | 显示全部楼层

我还想请教一个问题 就是在进行蛋白质在磷脂膜中最小化的时候,出现下面的报错
Water molecule starting at atom 16462 can not be settled.
这个可能是什么原因啊
发表于 2017-1-4 06:38:31 | 显示全部楼层
是力场问题,你需要把你所用的力场、top文件、gro文件和你所用的命令告诉大家,才有人可以给你准确的解答
发表于 2017-1-9 10:10:52 | 显示全部楼层
认真考教程2吧
发表于 2017-1-9 10:13:08 | 显示全部楼层
认真看教程2
发表于 2017-1-9 15:11:06 | 显示全部楼层
你修改力场的时候有错误,仔细核对gromacs教程吧
 楼主| 发表于 2017-1-12 10:03:50 | 显示全部楼层
qshenlove 发表于 2017-1-9 15:11
你修改力场的时候有错误,仔细核对gromacs教程吧

好的 已解决 是ffnonbound文件中HW的修改问题  
 楼主| 发表于 2017-1-12 10:04:19 | 显示全部楼层

okok 谢谢
 楼主| 发表于 2017-1-12 10:05:14 | 显示全部楼层
rosmarin 发表于 2017-1-4 06:38
是力场问题,你需要把你所用的力场、top文件、gro文件和你所用的命令告诉大家,才有人可以给你准确的解答 ...

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