PDB中蛋白相关知识求助

鸿鹄00000

川大-灰太狼 发表于 2016-12-19 12:03
都是接近真实的，但都不是真实的。就像你描述苹果，可以说，“苹果”、也可以说“apple”。：）取适合你 ...

哦，这样啊，太感谢了

鸿鹄00000

川大-灰太狼 发表于 2016-12-19 12:05
这个页面里面没有看到  “1SP8.2.B”这个呢？

抱歉！1sp8.2.B是做SWISS-MODEL时给的模板的名称，“1sp8.2.B”中“1sp8”肯定是PDB ID号，B也肯定是它的一个亚基，至于“2”吗，就不知道它给的啥意思了

鸿鹄00000

川大-灰太狼 发表于 2016-12-19 12:05
这个页面里面没有看到  “1SP8.2.B”这个呢？

您好！谢谢您的帮助，我能再向您求教个问题吗？我在做蛋白质建模时，用SWISS-MODEL同源建模和Phyre2穿线法建模，两个相比较，看看得到的模型的差距，查了一下，说可以用VMD搞它们的RMSD，可是具体操作时又出现个问题：Phyre给的模型的氨基酸序列不跟自己输进去的目标序列一样，就是说Phyre不像SWISS一样不仅给你模板的结构，而且建出的模型也或给出，可是Phyre我到时还没找到给出的建的模型（原以为给出的是，可是它的序列跟目标序列不同，SWISS倒是建的模的序列与目标序列一样）。还有VMD做RMSD的方法具体到自己用时还真搞不出（参考网站http://sobereva.com/290），请问您能给出些建议吗？