PDB中蛋白相关知识求助

鸿鹄00000

1、为什么同一个物种的基因异源表达得出的蛋白晶体，亚基数不同呢，比如拟南芥的HPPD蛋白，亚基有的是4个，有的是2个或1个？
2、为什么一个物种的酶的金属离子价态不一样呢？比如HPPD酶晶体的金属离子有FE2+和FE3+？
3、PDB ID 1SP8.2.B中间的2表示什么意思呢，1SP8表示PDB ID，B表示亚基吗，那2表示什么呢？
4、为什么一个蛋白中每个亚基的氨基酸序列明明是一样的，却还能得出几个亚基组成的四级结构呢？还有一个氨基酸序列，通过建模却能检出几个亚基，为什么呢？

鸿鹄00000

川大-灰太狼 发表于 2016-12-19 12:05
这个页面里面没有看到  “1SP8.2.B”这个呢？

您好！谢谢您的帮助，我能再向您求教个问题吗？我在做蛋白质建模时，用SWISS-MODEL同源建模和Phyre2穿线法建模，两个相比较，看看得到的模型的差距，查了一下，说可以用VMD搞它们的RMSD，可是具体操作时又出现个问题：Phyre给的模型的氨基酸序列不跟自己输进去的目标序列一样，就是说Phyre不像SWISS一样不仅给你模板的结构，而且建出的模型也或给出，可是Phyre我到时还没找到给出的建的模型（原以为给出的是，可是它的序列跟目标序列不同，SWISS倒是建的模的序列与目标序列一样）。还有VMD做RMSD的方法具体到自己用时还真搞不出（参考网站http://sobereva.com/290），请问您能给出些建议吗？

川大-灰太狼

鸿鹄00000 发表于 2016-12-15 16:12
这么来讲，PDB数据库里的有多种晶体类型的蛋白，哪个能真实可靠呢

都是接近真实的，但都不是真实的。就像你描述苹果，可以说，“苹果”、也可以说“apple”。：）取适合你研究的那个就好，要根据你自己的研究来选择。如果选择不了，可以尝试选择分辨率更低的pdb，或者更完善的pdb。

鸿鹄00000

川大-灰太狼 发表于 2016-12-9 18:08
3、不知道你说的“PDB ID 1SP8.2.B”来源何处，可否说明出处？

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1SP8
它是玉米的HPPD类的晶体，1SP8是PDB ID号，B应该指的是B亚基，可是中间有个“2”就不知道啥意思了

川大-灰太狼

1、蛋白在结晶或解析的时候就只能获取到一部分数据，所以你看到的就有区别，这个是正常的，不是因为亚基数不同，只是解析得到的不同。

川大-灰太狼

2、这个是金属离子本身的特性，Fe2+会氧化变为Fe3+，发生一个反应从而获得一个电子。

川大-灰太狼

3、不知道你说的“PDB ID 1SP8.2.B”来源何处，可否说明出处？

川大-灰太狼

4、多聚蛋白质是有同一类型的亚基组成，称为同源多聚体，反之为异源多聚体。

鸿鹄00000

川大-灰太狼 发表于 2016-12-9 18:03
1、蛋白在结晶或解析的时候就只能获取到一部分数据，所以你看到的就有区别，这个是正常的，不是因为亚基数 ...

这么来讲，PDB数据库里的有多种晶体类型的蛋白，哪个能真实可靠呢

鸿鹄00000

川大-灰太狼 发表于 2016-12-9 18:10
4、多聚蛋白质是有同一类型的亚基组成，称为同源多聚体，反之为异源多聚体。 ...

为什么在建模时，属于同一个家族的不同种的氨基酸序列，倒是建出数目不同的亚基来呢

川大-灰太狼

鸿鹄00000 发表于 2016-12-15 16:10
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1SP8
它是玉米的HPPD类的晶体，1SP8是PDB ID号 ...

这个页面里面没有看到  “1SP8.2.B”这个呢？