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楼主: 乐仁释

[AMBER] 急切希望得到帮助啊啊:计算mmpbsa总是出现com.prmtop出错

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 楼主| 发表于 2016-10-25 20:39:28 | 显示全部楼层
Ice_cream 发表于 2016-10-25 19:51
"这个问题说明处理的top文件有问题。因为我的体系里面活性口袋内的水分子 参与作用且活性口袋是疏水的,所 ...

此外,mmpbsa.in,不加那个strip
发表于 2016-10-25 22:09:07 | 显示全部楼层
乐仁释 发表于 2016-10-25 20:37
你试试这个命令吧:
ante-MMPBSA.py -p com_wat.prmtop -c com.prmtop -s ":129-9054" --radii=mbondi2
a ...

非常感谢您的回复,使我受益匪浅,我还有一点不是很清楚。
根据您的描述:体系里面活性口袋内的水分子 参与作用且活性口袋是疏水的,所以在刚开始处理蛋白的时候保留了水分子。
在这一步“ante-MMPBSA.py -p com_wat.prmtop -c com.prmtop -s ":129-9054" --radii=mbondi2”中,您是把
相当于受体的一部分且参与作用的重要水分子删除了吗?这样的话,原先保留这个水分子岂不是没有意义了?
发表于 2016-10-25 22:26:42 | 显示全部楼层
Ice_cream 发表于 2016-10-25 22:09
非常感谢您的回复,使我受益匪浅,我还有一点不是很清楚。
根据您的描述:体系里面活性口袋内的水分子 参 ...

此外,在文件com_wat.prmtop如何查看蛋白和分子编号,是不是查看原始PDB文件是可以看到的?
发表于 2016-10-26 09:23:20 | 显示全部楼层
请楼主看一下,我的程序,不知道哪里出了问题?
1.PNG
发表于 2016-10-26 09:24:28 | 显示全部楼层
下面是正式执行时,出现的问题
2.PNG
 楼主| 发表于 2016-11-11 16:54:30 | 显示全部楼层
Ice_cream 发表于 2016-10-25 22:26
此外,在文件com_wat.prmtop如何查看蛋白和分子编号,是不是查看原始PDB文件是可以看到的? ...

嗯,是根据pdb来看的编号
 楼主| 发表于 2016-11-11 16:55:57 | 显示全部楼层
Ice_cream 发表于 2016-10-25 22:09
非常感谢您的回复,使我受益匪浅,我还有一点不是很清楚。
根据您的描述:体系里面活性口袋内的水分子 参 ...

这个我不知道该如何回答您,建议看看算mmpbsa官网的教程,以及它的原理什么的
 楼主| 发表于 2016-11-11 16:58:45 | 显示全部楼层
Ice_cream 发表于 2016-10-26 09:24
下面是正式执行时,出现的问题

提示top有问题,先检查下编号那些有没有弄错什么的
发表于 2018-2-7 21:05:22 | 显示全部楼层
您好,请问您当初计算MMPBSA总出现com.prmtop出错是怎么解决的呢?谢谢。
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