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[AMBER] 急切希望得到帮助啊啊:计算mmpbsa总是出现com.prmtop出错

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发表于 2016-6-10 19:54:51 | 显示全部楼层 |阅读模式

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有没人帮助我解决下问题啊,,,万分感谢啊,输出文件如下:
Reading command-line arguments and input files...
Loading and checking parameter files for compatibility...
sander found! Using /home-gk/users/      /soft/amber12/bin/sander
mmpbsa_py_energy found! Using /home-gk/users/       /soft/amber12/bin/mmpbsa_py_energy
cpptraj found! Using /home-gk/users/       /soft/amber12/bin/cpptraj
Preparing trajectories for simulation...
4 frames were processed by cpptraj for use in calculation.

Beginning GB calculations with /home-gk/users/     /soft/amber12/bin/sander
  calculating complex contribution...
CalcError: /home-gk/users/       /soft/amber12/bin/sander failed with prmtop com.prmtop!
Exiting. All files have been retained.
查看_MMPBSA_complex_gb.mdout.0
如下:
QQ截图20160610194259.jpg

通过如下命令得到top文件的
ante-MMPBSA.py -p model.prmtop -c com.prmtop -s ":WAT,HOH,Cl-,Na+"
ante-MMPBSA.py -p com.prmtop -r rec.prmtop -l lig.prmtop -n 'IG'
mmpbsa.in文件如下:
Input file for running PB and GB
&general
  startframe=1, endframe=1000, interval=20,
  keep_files=2, verbose=2,strip_mask=":Na+:WAT"
/
&gb
  igb=5, saltcon=0.100,
/
&pb
  istrng=0.100,
/
&decomp
  idecomp=1,
  print_res="1-115",

发表于 2016-10-25 22:09:07 | 显示全部楼层
乐仁释 发表于 2016-10-25 20:37
你试试这个命令吧:
ante-MMPBSA.py -p com_wat.prmtop -c com.prmtop -s ":129-9054" --radii=mbondi2
a ...

非常感谢您的回复,使我受益匪浅,我还有一点不是很清楚。
根据您的描述:体系里面活性口袋内的水分子 参与作用且活性口袋是疏水的,所以在刚开始处理蛋白的时候保留了水分子。
在这一步“ante-MMPBSA.py -p com_wat.prmtop -c com.prmtop -s ":129-9054" --radii=mbondi2”中,您是把
相当于受体的一部分且参与作用的重要水分子删除了吗?这样的话,原先保留这个水分子岂不是没有意义了?
 楼主| 发表于 2016-10-25 20:37:40 | 显示全部楼层
Ice_cream 发表于 2016-10-25 19:51
"这个问题说明处理的top文件有问题。因为我的体系里面活性口袋内的水分子 参与作用且活性口袋是疏水的,所 ...

你试试这个命令吧:
ante-MMPBSA.py -p com_wat.prmtop -c com.prmtop -s ":129-9054" --radii=mbondi2
ante-MMPBSA.py -p com.prmtop -r rec.prmtop -l lig.prmtop -m ":1-127" --radii=mbondi2
1-127号 是蛋白编号
128是小分子的编号
9054是最后一个水分子的编号
发表于 2016-10-25 19:51:09 | 显示全部楼层
"这个问题说明处理的top文件有问题。因为我的体系里面活性口袋内的水分子 参与作用且活性口袋是疏水的,所以在刚开始处理蛋白的时候保留了水分子,因此,晶体结构里面的水分子属于receptor这部分。在生成计算mmpbsa 的top文件的时候注意这一点就行了。"
我遇到了相似的问题,您能解释的详细一点吗?
 楼主| 发表于 2016-6-11 14:26:10 | 显示全部楼层
本帖最后由 乐仁释 于 2016-6-11 14:27 编辑

好吧,没人理我,自己解决了。这个问题说明处理的top文件有问题。因为我的体系里面活性口袋内的水分子 参与作用且活性口袋是疏水的,所以在刚开始处理蛋白的时候保留了水分子,因此,晶体结构里面的水分子属于receptor这部分。在生成计算mmpbsa 的top文件的时候注意这一点就行了。
发表于 2016-6-16 10:29:21 | 显示全部楼层
抱歉没能帮上忙。楼主很棒!自己解决问题以后还上来分享经验,赞一个!
 楼主| 发表于 2016-6-20 17:01:54 | 显示全部楼层
fanc232 发表于 2016-6-16 10:29
抱歉没能帮上忙。楼主很棒!自己解决问题以后还上来分享经验,赞一个!

有啥抱歉的,哈哈
发表于 2016-6-21 10:44:33 | 显示全部楼层
GB部分一般是不会出错的,PB才会出些奇奇怪怪的错误。
一般是你com.prmtop原子个数与最后对应的轨迹文件原子个数不对应。
发表于 2016-10-24 10:23:15 | 显示全部楼层

回帖奖励 +1 金币

乐仁释 发表于 2016-6-11 14:26
好吧,没人理我,自己解决了。这个问题说明处理的top文件有问题。因为我的体系里面活性口袋内的水分子 参与 ...

hi, Can I ask if I add Na+ in one system, then the Na+ belongs to receptor? or ligand ?
 楼主| 发表于 2016-10-24 11:49:44 | 显示全部楼层
vivian 发表于 2016-10-24 10:23
hi, Can I ask if I add Na+ in one system, then the Na+ belongs to receptor? or ligand ?

if NA+ is used  to neutralize the system , I think neither of them is not.
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