急切希望得到帮助啊啊：计算mmpbsa总是出现com.prmtop出错

乐仁释

有没人帮助我解决下问题啊，，，万分感谢啊，输出文件如下：
Reading command-line arguments and input files...
Loading and checking parameter files for compatibility...
sander found! Using /home-gk/users/      /soft/amber12/bin/sander
mmpbsa_py_energy found! Using /home-gk/users/       /soft/amber12/bin/mmpbsa_py_energy
cpptraj found! Using /home-gk/users/       /soft/amber12/bin/cpptraj
Preparing trajectories for simulation...
4 frames were processed by cpptraj for use in calculation.

Beginning GB calculations with /home-gk/users/     /soft/amber12/bin/sander
  calculating complex contribution...
CalcError: /home-gk/users/       /soft/amber12/bin/sander failed with prmtop com.prmtop!
Exiting. All files have been retained.
查看_MMPBSA_complex_gb.mdout.0
如下：


通过如下命令得到top文件的
ante-MMPBSA.py -p model.prmtop -c com.prmtop -s ":WAT,HOH,Cl-,Na+"
ante-MMPBSA.py -p com.prmtop -r rec.prmtop -l lig.prmtop -n 'IG'
mmpbsa.in文件如下：
Input file for running PB and GB
&general
  startframe=1, endframe=1000, interval=20,
  keep_files=2, verbose=2,strip_mask=":Na+:WAT"
/
&gb
  igb=5, saltcon=0.100,
/
&pb
  istrng=0.100,
/
&decomp
  idecomp=1,
  print_res="1-115",

Ice_cream

乐仁释 发表于 2016-10-25 20:37
你试试这个命令吧：
ante-MMPBSA.py -p com_wat.prmtop -c com.prmtop -s ":129-9054" --radii=mbondi2
a ...

非常感谢您的回复，使我受益匪浅，我还有一点不是很清楚。
根据您的描述：体系里面活性口袋内的水分子 参与作用且活性口袋是疏水的，所以在刚开始处理蛋白的时候保留了水分子。
在这一步“ante-MMPBSA.py -p com_wat.prmtop -c com.prmtop -s ":129-9054" --radii=mbondi2”中，您是把
相当于受体的一部分且参与作用的重要水分子删除了吗？这样的话，原先保留这个水分子岂不是没有意义了？

乐仁释

Ice_cream 发表于 2016-10-25 19:51
"这个问题说明处理的top文件有问题。因为我的体系里面活性口袋内的水分子 参与作用且活性口袋是疏水的，所 ...

你试试这个命令吧：
ante-MMPBSA.py -p com_wat.prmtop -c com.prmtop -s ":129-9054" --radii=mbondi2
ante-MMPBSA.py -p com.prmtop -r rec.prmtop -l lig.prmtop -m ":1-127" --radii=mbondi2
1-127号 是蛋白编号
128是小分子的编号
9054是最后一个水分子的编号

Ice_cream

"这个问题说明处理的top文件有问题。因为我的体系里面活性口袋内的水分子 参与作用且活性口袋是疏水的，所以在刚开始处理蛋白的时候保留了水分子，因此，晶体结构里面的水分子属于receptor这部分。在生成计算mmpbsa 的top文件的时候注意这一点就行了。"
我遇到了相似的问题，您能解释的详细一点吗？

乐仁释

没人呀？

乐仁释

好吧，没人理我，自己解决了。这个问题说明处理的top文件有问题。因为我的体系里面活性口袋内的水分子 参与作用且活性口袋是疏水的，所以在刚开始处理蛋白的时候保留了水分子，因此，晶体结构里面的水分子属于receptor这部分。在生成计算mmpbsa 的top文件的时候注意这一点就行了。

fanc232

抱歉没能帮上忙。楼主很棒！自己解决问题以后还上来分享经验，赞一个！

乐仁释

fanc232 发表于 2016-6-16 10:29
抱歉没能帮上忙。楼主很棒！自己解决问题以后还上来分享经验，赞一个！

有啥抱歉的，哈哈

木月光

GB部分一般是不会出错的，PB才会出些奇奇怪怪的错误。
一般是你com.prmtop原子个数与最后对应的轨迹文件原子个数不对应。

vivian

乐仁释 发表于 2016-6-11 14:26
好吧，没人理我，自己解决了。这个问题说明处理的top文件有问题。因为我的体系里面活性口袋内的水分子 参与 ...

hi, Can I ask if I add Na+ in one system, then the Na+ belongs to receptor? or ligand ?

乐仁释

vivian 发表于 2016-10-24 10:23
hi, Can I ask if I add Na+ in one system, then the Na+ belongs to receptor? or ligand ?

if NA+ is used  to neutralize the system , I think neither of them is not.