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[AutoDock&Vina] 对接找不到protein.maps.fld

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发表于 2016-4-6 09:17:11 | 显示全部楼层 |阅读模式

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   小弟在用ADT进行run dock的时候,设置对接100次,跳出的界面一下子就过去了,不像有的教程说的要一两个小时,在cmd界面输入autodock -p docking.dpf -l docking.dlg ,cmd回馈的反应是
aotudock4: I'm sorry ; I can't find or open ''protein.maps.fld"
autodock4:fatal error : autodock4:I'm sorry;I can't find or open "protein.maps.fld"
autodock4:unsuccessful completion

想请问下在哪一步会生成maps.fld,或者是我在哪一步没有设置好?
发表于 2016-4-6 22:12:53 | 显示全部楼层
mslrk13518530 发表于 2016-4-6 22:05
是的,map文件是在哪生成的?我电脑版本是win8,autodock和adt都是下载最近版的,然后直接在桌面生成的快 ...

我觉得你应该先看看我们编译的autodock教程后,再着手来做。
1、autodock-Win版2014年最新中文版教程
http://bioms.org/forum.php?mod=v ... &extra=page%3D1

2、AutoDock 4.2 中文版 教程 (Bioms小组翻译)
http://bioms.org/forum.php?mod=v ... &extra=page%3D1
 楼主| 发表于 2016-4-6 21:50:43 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2016-4-6 21:31
map文件是在执行autogrid的时候生成的,你可以具体的描述下你的操作过程,然后上传一下你的文件夹。我可以 ...

额,狼哥不好意思,我不懂怎么上传文件夹,我只能把存在在文件夹里的内容打出来。
autodock4.exe
autogird4.exe
dock.glg
dock.gpf
docking.dlg
docking.dpf
ligand.pdbqt
protein.pdb
protein.pdbqt
 楼主| 发表于 2016-4-6 22:54:46 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2016-4-6 22:28
不客气:)那个的确没有了,我明天再重新上传,呵呵。先看看教程,再来做就容易了。远程这样说不好弄清楚 ...

谢谢狼哥,找到原因了,是因为没有edit gpf里面的文件夹路径,十分感谢狼哥!!
发表于 2016-4-6 09:58:43 | 显示全部楼层
这个是因为没有把准备的文件和autogrid , autodock程序文件放在一个文件夹。
 楼主| 发表于 2016-4-6 11:47:32 | 显示全部楼层
灰太狼哥好,我之前就已经把在adt中所生成的文件都放在了同一个文件夹下,或者说要默认文件夹还是哪里?我是放在e盘自己创建的一个文件夹,没有中文目录和符号,(E:\dock)
发表于 2016-4-6 21:26:56 | 显示全部楼层
mslrk13518530 发表于 2016-4-6 11:47
灰太狼哥好,我之前就已经把在adt中所生成的文件都放在了同一个文件夹下,或者说要默认文件夹还是哪里?我 ...

要把 执行文件 也放到这个文件夹中。
 楼主| 发表于 2016-4-6 21:28:12 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2016-4-6 21:26
要把 执行文件 也放到这个文件夹中。

执行文件是指autodock4和autogrid4吗?我也有放在这里面
发表于 2016-4-6 21:31:36 | 显示全部楼层
map文件是在执行autogrid的时候生成的,你可以具体的描述下你的操作过程,然后上传一下你的文件夹。我可以帮你看看。
发表于 2016-4-6 21:56:17 | 显示全部楼层
mslrk13518530 发表于 2016-4-6 21:50
额,狼哥不好意思,我不懂怎么上传文件夹,我只能把存在在文件夹里的内容打出来。
autodock4.exe
autogir ...

你这里面就没有产生map文件,对吧。
 楼主| 发表于 2016-4-6 22:05:25 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2016-4-6 21:56
你这里面就没有产生map文件,对吧。

是的,map文件是在哪生成的?我电脑版本是win8,autodock和adt都是下载最近版的,然后直接在桌面生成的快捷adt运行adt开始进行对接。
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