DS 药物的虚拟筛选

南华-ET · 发表于 2012-11-26 09:26:52

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用DS的pharmacophore做药效团的虚拟筛选时，小分子训练集的氢要去除吗，去除之后的小分子的电荷怎么处理？

blue_cat · 发表于 2012-11-26 10:13:01

你指的是建模的时候训练集分子的氢要不要去掉是吧

南华-ET · 发表于 2012-11-26 10:35:00

blue_cat 发表于 2012-11-26 10:13

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你指的是建模的时候训练集分子的氢要不要去掉是吧

是的，还有电荷的问题，我听说电荷也会对药效团的生成有影响。

blue_cat · 发表于 2012-11-26 10:46:59

建模的时候小分子要加氢！对于电荷的问题，如果对小分子电荷进行处理，在建模选择参数时要选择POS_CHARGE或者NEG_CHARGE，如果不进行电荷处理，让软件自己去识别，选NEG_IONIZABLE或POS_IONIZABLE

SYPHU_me · 发表于 2012-11-26 11:06:35

对training和test都用Feature Mapping产生药效特征元素可能比较好

南华-ET · 发表于 2012-11-26 11:37:27

本帖最后由南华-ET 于 2012-11-26 11:41 编辑

blue_cat 发表于 2012-11-26 10:46

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建模的时候小分子要加氢！对于电荷的问题，如果对小分子电荷进行处理，在建模选择参数时要选择POS_CHARGE或 ...

相当于不对氢和电荷做任何处理也可以，但是我在文献中看见许多药效团的建立都是小分子去氢后得出来的，而且我在去氢之后得出来的药效团也不一样，所以我才想知道氢原子是否对药效团的产生有影响。图中的小分子是没有氢的

南华-ET · 发表于 2012-11-26 11:40:20

SYPHU_me 发表于 2012-11-26 11:06

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对training和test都用Feature Mapping产生药效特征元素可能比较好

嗯，是的。我是用Hip-Hop做的。但是在mapping之前，对训练集的小分子是否需要做去氢的处理。

中科院-石头 · 发表于 2012-11-26 14:57:43

是不是极性氢不能去掉，非极性氢能去掉呢？

SYPHU_me · 发表于 2012-11-26 16:27:18

南华-ET 发表于 2012-11-26 11:40

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嗯，是的。我是用Hip-Hop做的。但是在mapping之前，对训练集的小分子是否需要做去氢的处理。 ...

我很久之前玩过hiphop，不过都是加氢处理的小分子，因为没想那么多，就顺理成章的都加氢啦！不过你说的那篇文献分享给大家一下吧，文章中有没有提到没加氢的原因呢？

南华-ET · 发表于 2012-11-26 17:05:19

SYPHU_me 发表于 2012-11-26 16:27

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我很久之前玩过hiphop，不过都是加氢处理的小分子，因为没想那么多，就顺理成章的都加氢啦！不过你说的那 ...

文献中没有提是否加氢，是我师兄和老板说的要去氢和考虑电荷的影响，我在文献中也看到确实没有氢。

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