Gromacs结合能计算

jerrysky2011

Babyblue 发表于 2012-11-29 18:00

                               
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GMX是不能评价溶剂能效应的，至少在4.5版本以前，现在加入了GB模型，溶剂能可以估算，具体我没试过，所以个 ...

首先，非常感谢你的回帖，这方面我懂得不是很多，看到文献上面讲到就是用插件APBS和MM/PBSA来辅助计算的，但是我不知道那个插件在那里下载，对这个也不是很懂，貌似APBS要比MM/PBSA简单一些，请问你用过APBS吗？还麻烦您赐教！~！

Hwer

You cannot accurately compute binding FREE energy only by re-evaluating your MD trajectories. To estimate binding free energy of two molecules in explicit solvent, you need to carry out enhanced sampling simulation methods, either umbrella sampling or free energy perturbation. For details on how to use these methods with GROMACS, please refer to the following link:

http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... umbrella/index.html

桂理工-gypsy

对于GROMACS结合能计算，目前我看官网有详细的内容介绍，只是有点复杂，大部分文章计算的时候还是用amber进行的，以下链接希望可以提供一点帮助！这些内容讲的很详细，需要慢慢看，目前本人页正在学习之中，希望可以相互切磋！
http://www.alchemistry.org/wiki/ ... te_Binding_Affinity
http://www.alchemistry.org/wiki/ ... ve_Binding_Affinity
http://www.alchemistry.org/wiki/ ... lvation_Free_Energy
http://www.alchemistry.org/wiki/ ... lvation_free_energy
http://www.alchemistry.org/wiki/ ... h_expanded_ensemble
http://www.gromacs.org/Documenta ... Energy_Calculations

fanc232

Babyblue 发表于 2012-11-29 18:00
GMX是不能评价溶剂能效应的，至少在4.5版本以前，现在加入了GB模型，溶剂能可以估算，具体我没试过，所以个 ...

您好，想请教您一下，gromacs里面用拉伸分子动力学，伞型抽样什么的，计算PMF曲线，曲线的数值能不能当作结合自由能？
主要想知道，这种方法和MM/PBSA相比，谁更适合拿来评价小分子配体和蛋白受体之间的作用强弱？

fanc232

Hwer 发表于 2013-11-3 21:22
You cannot accurately compute binding FREE energy only by re-evaluating your MD trajectories. To est ...

您好，我想请教个问题：网上很多说用PBSA计算结合自由能的，我印象里这好像属于“隐式溶剂模型”；还有的是用伞形抽样计算结合自由能变，是把复合体直接放在一盒水分子里面跑的，算是“显式溶剂模型”了吧。这两种方法，在计算结果上，有什么优劣性吗？