Gromacs结合能计算

jerrysky2011

1.请问有谁计算过跑完动力学的结合能或者自由能吗？具体是用什么命令来执行的，请知道的高手帮帮忙！~或者说是怎么提取数据，然后结合其他的的软件来分析他们的结合能或自由能也可以。恳请大家帮帮忙，在这里先谢谢了！~
2.在这给大家推荐一个网址http://nihserver.mbi.ucla.edu/SAVES/，这是一个关于评价分子对接和动力学跑玩的结构体系等是否稳定，希望对大家有所帮助！~

fanc232

Hwer 发表于 2013-11-3 21:22
You cannot accurately compute binding FREE energy only by re-evaluating your MD trajectories. To est ...

您好，我想请教个问题：网上很多说用PBSA计算结合自由能的，我印象里这好像属于“隐式溶剂模型”；还有的是用伞形抽样计算结合自由能变，是把复合体直接放在一盒水分子里面跑的，算是“显式溶剂模型”了吧。这两种方法，在计算结果上，有什么优劣性吗？

fanc232

Babyblue 发表于 2012-11-29 18:00
GMX是不能评价溶剂能效应的，至少在4.5版本以前，现在加入了GB模型，溶剂能可以估算，具体我没试过，所以个 ...

您好，想请教您一下，gromacs里面用拉伸分子动力学，伞型抽样什么的，计算PMF曲线，曲线的数值能不能当作结合自由能？
主要想知道，这种方法和MM/PBSA相比，谁更适合拿来评价小分子配体和蛋白受体之间的作用强弱？

wangqiang306

我用gromacs计算过蛋白质和小分子的结合能。就是分成两个group，然后mdrerun，最后g_energy

0703114邓

wangqiang306 发表于 2012-11-21 08:49

                               
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我用gromacs计算过蛋白质和小分子的结合能。就是分成两个group，然后mdrerun，最后g_energy ...

请问楼上，怎样分成两个组？详细写一下，让不太熟悉的也学习一下

jerrysky2011

0703114邓 发表于 2012-11-21 08:59

                               
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请问楼上，怎样分成两个组？详细写一下，让不太熟悉的也学习一下

求同样的问题！~我之前测原子间距离的时候也是说要分成两个组，但是我写了个TXT文档，总是不对，不知道这两个组是怎么定义的，最后就是用了一个脚本弄出来的，不知道这个是否也可以这样做？你说的第二步：mdrerun是不是要重新跑动力学！~恳请大师把详细的 命令写出来下哦！~我是新手不太懂的！~！~非常感谢啦

jerrysky2011

1.定义组：make_ndx -f  xx.pdb -o yy.mdx
输入此命令会提示你让你自己定义你的每个组要选择的原子或AA等。
比如，我选择的A链的52-77位的AA，我就输入 chain A & r 52-77
同样的方法定义你的另一个组。组定义完了之后就输入单个字母q就是保存文件。这样你的两个组就定义好了，相关的文件也生成了。
2.按照Babyblue 和天理-小新说的用mdrerun来控制从新跑动力学，但是具体的操作命令我还不知道，恳请有懂得把这个写上来。
3.g_energy -f ener.edr -skip 50 -o totalenergy.xvg来分析mdreruns 所得能量。
我懂得就这么多了，有懂得多的还请写上来和大家分享！~

0703114邓

学习了

Babyblue

这样算出来是相互作用能，不是结合自由能。更准确的说是气相能！

三郎

先看7楼说的。

然后我能告诉你的是，结合自由能的计算，Gromacs并不能那么智能的直接给你结果。打个比方，你需要盖个房子，你可通过gromacs得到盖房子的材料，然后要自己动手盖。所以，你需要找到一个结合自由能计算的模型或说公式，比如LIE方法，MMPB方法、GBSA方法等，这些公式里会有需要的能量项，用gromacs去计算得到这些能量项就好了

jerrysky2011

三郎 发表于 2012-11-27 16:26

                               
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先看7楼说的。

然后我能告诉你的是，结合自由能的计算，Gromacs并不能那么智能的直接给你结果。打个比方， ...

学习了，你说的很对！~灰常的感谢

Babyblue

GMX是不能评价溶剂能效应的，至少在4.5版本以前，现在加入了GB模型，溶剂能可以估算，具体我没试过，所以个人认为，GMX算的只是结合能的一部分，即气相能！溶剂效应需要借助第三方插件如：APBS，构建MMPBSA/GBSA循环公式，才能算出来与amber一样概念的结合自由能，而不是很多文章说的相互作用能。为什么很多人用相互作用能代替结合自由能，是因为溶剂效应很难算的准，气相能和结合能就可以定性的替代，从而定性的解释一些问题！个人愚见~~~望大家拍砖~~~