Gromacs 5.1 版本在ubutu下的安装

prince好先森 · 发表于 2015-9-7 17:09:54

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  首先  我是系统管理员下面的一个子用户，所以没有管理员权限，安装过程有点麻烦，但是安装开源的软件都可以在我自己目录下面！1-安装cmake
去cmake官网下载 cmake-3.3.1.tar.gz
tar -xvf cmake-3.3.1.tar.gz
cd cmake
cd cmake-3.3.1
这一步是关键 ./bootstrap --prefix=/路径/cmake3.3.1
make
make install
设置cmake环境变量去修改bashrc文件（或者在用户bin里建一个文件放入cmake的路径把文件设置可执行  这个方法不正规）
运行cmake看看有没有装好
2-gromacs的安装
  去官网下载gromacs-5.1.tar.gz
  tar -xvf gromacs-5.1.tar.gz
  cd gromacs-5.1
  mkdir build
  cd build
  cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_SIMD=None -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/路径/gmx/gromacs-5.1
  make
  make install
  source  /路径/gromacs-5.1/bin/GMXRC
  GMXRC是配置文件，可在bashrc里面加入环境变量  vi .bashrc 然后 source  /路径/gromacs-5.1/bin/GMXRC  source .bashrc即可
以上是小编的安装新得  希望对大家有所帮助！

prince好先森 · 发表于 2015-9-19 10:23:59

不好意思，楼主能力有限！我只是分享我自己遇到的问题，要是有一个很全的帖子，那大家不用看别的了。

greatzdl · 发表于 2015-9-24 09:36:22

本帖最后由 greatzdl 于 2015-9-24 10:59 编辑

prince好先森发表于 2015-9-23 11:04
我只是分享我自己ubuntu第一次安装的过程，我是一个计算机小白，我没能力写你需要看的那种十全十美的帖子 ...

昨天都看不到这个留言了。先谢谢管理员仁慈。
我也是小白，但我绝对不会将自己第一次安装软件的过程发给别人。
首先，我觉得我理解的还不够深，某些地方还可能根本不知道（实际上很多时候都如此），过程可能勉强
凑合完成了，但是一些原因(如系统，编译器，等等)会使得过程复杂。
名为给大家提供思路，实际上为人家或许给人家提供很多绊儿。小白安装软件那么纠结，我觉得这个因素也算其一吧。
其次，发帖是帮助别人，不是给自己长脸。最终最终落脚点都是看帖的人啊，你将一盘夹生饭给别人吃，我想也不合适吧！
最后，在之前，我很和气跟你说，可以完善完善。你既然有心发帖，发了就可以不管了吗？人家问你问题，你总回复你看官网吧，不合适吧?为啥没心去维护帖子呢。对于你回复的态度，我感觉是没有责任心的表现，让人心酸。
还有一点，我在论坛做啥，是我的自由。谢谢你的期望，我没能力，我会多多发提问帖。期望看到大神的帖子，学习学习。

prince好先森 · 发表于 2015-9-23 11:04:48

greatzdl 发表于 2015-9-22 14:40
十全十美谁也做不到，五全五美还是要的嘛！
你作为管理员都如是说了，我也就不多说了。
不过我觉得，有时 ...

我只是分享我自己ubuntu第一次安装的过程，我是一个计算机小白，我没能力写你需要看的那种十全十美的帖子，你如果有本事自己写一个分享给大家，我是有多少能力我写多少。你要是没能力，就不要吐槽别人！群里大神可能看我的帖子这么简单谁不会啊，可是有几个小白能自己安装的？群里有多少不会自己安装软件的，你们也不是从简单到复杂的么。。。。。希望你可以为论坛做一些贡献，而不是只会提问，看别人的帖子

greatzdl · 发表于 2015-9-9 10:21:02

可否详细介绍一下，单精度双精度以及优化算法，cuda等等的安装方法，将该贴补充的更完美。

prince好先森 · 发表于 2015-9-9 12:00:15

大同小异您学会了安装其他的都是类似的！

lianjin1989 · 发表于 2015-9-10 14:14:17

weishenme "-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON" jiu you wenti ne?

prince好先森 · 发表于 2015-9-11 10:00:08

lianjin1989 发表于 2015-9-10 14:14
weishenme "-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON" jiu you wenti ne?

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_SIMD=None -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/路径/gmx/gromacs-5.1
我的是这个啊你看看安装说明不同电脑好像不太一样

xkang · 发表于 2015-9-17 15:21:18

我想问一下，CUDA能在虚拟机上安装吗？我安装过程中提示内存不足，甚至虚拟机根本实现不了，期待您的回复，谢谢！

prince好先森 · 发表于 2015-9-18 09:11:35

这个我也不是太懂不好意思啊

greatzdl · 发表于 2015-9-18 09:25:42

prince好先森发表于 2015-9-9 12:00
大同小异您学会了安装其他的都是类似的！

帖子嘛，让人看得。
所以还是全一些好。

greatzdl · 发表于 2015-9-19 10:50:58

prince好先森发表于 2015-9-19 10:23
不好意思，楼主能力有限！我只是分享我自己遇到的问题，要是有一个很全的帖子，那大家不用看别的了。 ...

你这是不太负责任的表现，

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