运行GROMACS时做到pdb2gmx这一步出错：Incomplete ring in HIS396

背包旅客 · 发表于 2015-5-7 11:36:38

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我运行GROMACS4.5.5版本的时候，做到pdb2gmx那一步选完力场（9 GROMOS96 43a1 force field）之后，出现这个Fatal error:
Incomplete ring in HIS396
，可是我检查了一下，HIS396残基没有缺失啊！！！我还重新修复了一下蛋白链，HIS396那里也没有改变啊！！！我自己是在找不出是啥问题呀？？？哪位大神能帮我解答一下呢？感激不尽！！！

背包旅客 · 发表于 2015-5-8 09:30:04

我已经发现了原因：我蛋白链的HIS396氨基酸缺失了五个原子信息，可是，我要怎么修复我的蛋白链呢？？？

川大-灰太狼 · 发表于 2015-5-8 16:01:04

请查看这个帖子，使用chimera补全。http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1280

背包旅客 · 发表于 2015-5-8 16:59:37

川大-灰太狼发表于 2015-5-8 16:01
请查看这个帖子，使用chimera补全。http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1280

已经参考了！O(∩_∩)O谢谢！但是我现在遇到另一个问题：我运行Gromacs的pdb2mgx时提示氨基酸不完整，我仔细查了一下，发现氨基酸序列是对的，但在pdb文件里某个位置的氨基酸原子缺失！这个问题要怎么破？？？

Warlock.Y · 发表于 2015-5-9 08:56:08

背包旅客发表于 2015-5-8 16:59
已经参考了！O(∩_∩)O谢谢！但是我现在遇到另一个问题：我运行Gromacs的pdb2mgx时提示氨基酸不完整，我 ...

补全

海洋 · 发表于 2015-5-10 13:20:28

chimera补全

背包旅客 · 发表于 2015-5-11 17:11:36

海洋发表于 2015-5-10 13:20
chimera补全

请问怎么用chimere补全缺失原子啊？？？有教程么？？？跪谢！

海洋 · 发表于 2015-5-13 16:50:53

背包旅客发表于 2015-5-11 17:11
请问怎么用chimere补全缺失原子啊？？？有教程么？？？跪谢！

论坛里有，阿里原创！找一下

天理-小新 · 发表于 2015-5-15 13:50:43

如果是末端残基，且非重点研究对象，直接删除 HIS396下的所以原子。

背包旅客 · 发表于 2015-5-16 16:40:06

海洋发表于 2015-5-13 16:50
论坛里有，阿里原创！找一下

已经解决，O(∩_∩)O谢谢

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[Gromacs] 运行GROMACS时做到pdb2gmx这一步出错：Incomplete ring in HIS396

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