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楼主: 药化神龙

[Gold] GOLD软件疑难解答【版主专贴】

[复制链接]
发表于 2015-8-19 11:02:53 | 显示全部楼层
laoman 发表于 2015-8-19 09:22
楼主可以把你的gold.conf文件的文本贴出来,大家一看就明白了

gold.conf文件的文本是哪个啊?
发表于 2015-8-19 15:34:30 | 显示全部楼层
laoman 发表于 2015-8-19 09:22
楼主可以把你的gold.conf文件的文本贴出来,大家一看就明白了

这是list文件。
# File containing a listing of the fitness of the top-ranked
# individual for each ligand docked in GOLD.
#
# Format is:
#
#    Score     S(PLP)    S(hbond)   DE(clash)   DE(tors)     intcor     time                               File name                Ligand name

    -39.53      42.00       0.00       0.00       0.72       ----    1.775     './gold_soln_BBP-NEW-add-h_m2_1.mol2'     'BBP00980CAS1260-05-5'
    -13.19      15.45       0.00       0.00       1.29       ----    2.538     './gold_soln_BBP-NEW-add-h_m3_2.mol2'   'BBP60054CAS959860-49-2'
     47.89     -42.09       0.00       0.00       1.08       ----    2.096     './gold_soln_BBP-NEW-add-h_m9_1.mol2'             'BBP00986CASN'
     24.40     -19.89       0.00       0.00       0.66       ----    4.846     './gold_soln_BBP-NEW-add-h_m4_2.mol2'   'BBP00981CAS659747-28-1'
发表于 2015-8-19 19:04:16 | 显示全部楼层
栀子花开 发表于 2015-8-19 15:34
这是list文件。
# File containing a listing of the fitness of the top-ranked
# individual for each  ...

这是bestranking.lst文件吧,看这个也没什么用啊,只有看参数文件(gold.conf),才知道哪里可能出问题了。

这个lst文件也有点奇怪,GOLD的DE(clash)为0,GOLD对接一般这个值都不是空的吧?
发表于 2015-8-19 19:05:10 | 显示全部楼层
栀子花开 发表于 2015-8-19 11:02
gold.conf文件的文本是哪个啊?

vi一下对接目录下的gold.conf文件
发表于 2015-8-20 11:54:01 | 显示全部楼层
laoman 发表于 2015-8-19 19:05
vi一下对接目录下的gold.conf文件

找到了,但是这里发不了文件,能不能加你qq发给你?
 楼主| 发表于 2015-8-21 11:15:20 | 显示全部楼层
栀子花开 发表于 2015-8-20 11:54
找到了,但是这里发不了文件,能不能加你qq发给你?

kib的zuo课题组,牛人也多呀,问问他们呀

那更方便解决
发表于 2015-8-23 11:45:10 | 显示全部楼层
药化神龙 发表于 2015-8-21 11:15
kib的zuo课题组,牛人也多呀,问问他们呀

那更方便解决

我就在这个课题组,问了他们,都不知道。
 楼主| 发表于 2015-8-23 18:23:05 | 显示全部楼层
栀子花开 发表于 2015-8-23 11:45
我就在这个课题组,问了他们,都不知道。

左老板是资深的,用这软件多年,经验丰富啊

发表于 2016-1-21 15:29:05 | 显示全部楼层
我装了个Gold 3.0.1破解版的,想问一下版主有教程之类的东西可以提供吗,没有接触过分子对接方面的东西,还请多多指教,不胜感激!
发表于 2016-5-9 21:57:03 | 显示全部楼层
请问版主,大概看了下gold的说明书,但是有两点没有太明白:1.在蛋白文件包含水的情况下不指定水的信息,水最终是否被识别了?2.金属的信息一定要指定吗?是否有缺省值?
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