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[Gold] GOLD软件疑难解答【版主专贴】

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发表于 2015-4-20 12:55:21 | 显示全部楼层 |阅读模式

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大家好,我是新上任的GOLD版块的版主:药化神龙

最近学习过该软件,并用该软件正在进行研究,如果大家在使用中,有什么问题的话,可以在这个贴下,我们互相交流,互相学习,共同提高。

谢谢大家!
发表于 2015-8-19 15:34:30 | 显示全部楼层
laoman 发表于 2015-8-19 09:22
楼主可以把你的gold.conf文件的文本贴出来,大家一看就明白了

这是list文件。
# File containing a listing of the fitness of the top-ranked
# individual for each ligand docked in GOLD.
#
# Format is:
#
#    Score     S(PLP)    S(hbond)   DE(clash)   DE(tors)     intcor     time                               File name                Ligand name

    -39.53      42.00       0.00       0.00       0.72       ----    1.775     './gold_soln_BBP-NEW-add-h_m2_1.mol2'     'BBP00980CAS1260-05-5'
    -13.19      15.45       0.00       0.00       1.29       ----    2.538     './gold_soln_BBP-NEW-add-h_m3_2.mol2'   'BBP60054CAS959860-49-2'
     47.89     -42.09       0.00       0.00       1.08       ----    2.096     './gold_soln_BBP-NEW-add-h_m9_1.mol2'             'BBP00986CASN'
     24.40     -19.89       0.00       0.00       0.66       ----    4.846     './gold_soln_BBP-NEW-add-h_m4_2.mol2'   'BBP00981CAS659747-28-1'
 楼主| 发表于 2015-4-24 16:51:06 | 显示全部楼层
wuxunxun1990 发表于 2015-4-24 15:45
但是我们实验室没有购买,现在又需要,不知道该怎么办呢

欢迎使用这个试用版本的:做分子对接的,老牌对接软件FlexX可以申请免费1-2个月的试用。和GOLD,GLIDE是齐名的。FlexX的介绍: http://www.biosolveit.de/FlexX/

下载地址:http://www.biosolveit.de/download/


或者使用赵老师开发的,免费版本的 ledock软件,你在论坛搜索一下就能够找到,也有专门的版块关于ledock软件的
发表于 2015-8-14 22:30:17 | 显示全部楼层
本帖最后由 laoman 于 2015-8-14 22:31 编辑
栀子花开 发表于 2015-8-14 17:23
您好,我看了gold.err文件,是空白,请问我哪里做错了?

空白就说明对接过程没有错吧,但5.2.2貌似没有View Solution这个按钮啊?楼主能否截个图看看是哪儿点击的?
如果对接没错,那么应该是在File菜单下点击load GOLD results, 弹出对话框,打开对接目录下的gold.conf(或者其他conf,如果名字被改了的话),然后就可以看结果了。
发表于 2015-4-20 20:54:40 | 显示全部楼层
支持!呵呵 我们的新版主,欢迎大家针对GOLD提问。
发表于 2015-4-23 22:29:30 | 显示全部楼层
你好,请问有没有这个软件的破解版,我们学校没有购买
 楼主| 发表于 2015-4-24 13:48:30 | 显示全部楼层
wuxunxun1990 发表于 2015-4-23 22:29
你好,请问有没有这个软件的破解版,我们学校没有购买

破解版本的好像只有gold5.0版本的,正版的已经到gold5.3版本

本论坛只支持正版软件,不流通盗版的,抱歉
发表于 2015-4-24 15:45:19 | 显示全部楼层
药化神龙 发表于 2015-4-24 13:48
破解版本的好像只有gold5.0版本的,正版的已经到gold5.3版本

本论坛只支持正版软件,不流通盗版的,抱歉 ...

但是我们实验室没有购买,现在又需要,不知道该怎么办呢
发表于 2015-4-24 16:05:30 | 显示全部楼层
做分子对接的,老牌对接软件FlexX可以申请免费1-2个月的试用。和GOLD,GLIDE是齐名的。FlexX的介绍: http://www.biosolveit.de/FlexX/

下载地址:http://www.biosolveit.de/download/

发表于 2015-4-24 17:15:52 | 显示全部楼层
药化神龙 发表于 2015-4-24 16:51
欢迎使用这个试用版本的:做分子对接的,老牌对接软件FlexX可以申请免费1-2个月的试用。和GOLD,GLIDE是 ...

嗯,谢谢版主
 楼主| 发表于 2015-4-24 17:22:05 | 显示全部楼层

不客气的

使用盗版软件计算出来的,发文章的时候顾虑的问题很多,还是尽量使用免费的,要好一些,祝好
发表于 2015-4-27 14:18:56 | 显示全部楼层
欢迎新版主! GOLD是我的心头好!
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