GOLD软件疑难解答【版主专贴】

药化神龙

大家好，我是新上任的GOLD版块的版主：药化神龙

最近学习过该软件，并用该软件正在进行研究，如果大家在使用中，有什么问题的话，可以在这个贴下，我们互相交流，互相学习，共同提高。

谢谢大家！

栀子花开

laoman 发表于 2015-8-19 09:22
楼主可以把你的gold.conf文件的文本贴出来，大家一看就明白了

这是list文件。
# File containing a listing of the fitness of the top-ranked
# individual for each ligand docked in GOLD.
#
# Format is:
#
#    Score     S(PLP)    S(hbond)   DE(clash)   DE(tors)     intcor     time                               File name                Ligand name

    -39.53      42.00       0.00       0.00       0.72       ----    1.775     './gold_soln_BBP-NEW-add-h_m2_1.mol2'     'BBP00980CAS1260-05-5'
    -13.19      15.45       0.00       0.00       1.29       ----    2.538     './gold_soln_BBP-NEW-add-h_m3_2.mol2'   'BBP60054CAS959860-49-2'
     47.89     -42.09       0.00       0.00       1.08       ----    2.096     './gold_soln_BBP-NEW-add-h_m9_1.mol2'             'BBP00986CASN'
     24.40     -19.89       0.00       0.00       0.66       ----    4.846     './gold_soln_BBP-NEW-add-h_m4_2.mol2'   'BBP00981CAS659747-28-1'

药化神龙

wuxunxun1990 发表于 2015-4-24 15:45
但是我们实验室没有购买，现在又需要，不知道该怎么办呢

欢迎使用这个试用版本的：做分子对接的，老牌对接软件FlexX可以申请免费1-2个月的试用。和GOLD，GLIDE是齐名的。FlexX的介绍: http://www.biosolveit.de/FlexX/

下载地址：http://www.biosolveit.de/download/


或者使用赵老师开发的，免费版本的 ledock软件，你在论坛搜索一下就能够找到，也有专门的版块关于ledock软件的

laoman

栀子花开 发表于 2015-8-14 17:23
您好，我看了gold.err文件，是空白，请问我哪里做错了？

空白就说明对接过程没有错吧，但5.2.2貌似没有View Solution这个按钮啊？楼主能否截个图看看是哪儿点击的？
如果对接没错，那么应该是在File菜单下点击load GOLD results， 弹出对话框，打开对接目录下的gold.conf(或者其他conf，如果名字被改了的话），然后就可以看结果了。

川大-灰太狼

支持！呵呵 我们的新版主，欢迎大家针对GOLD提问。

wuxunxun1990

你好，请问有没有这个软件的破解版，我们学校没有购买

药化神龙

wuxunxun1990 发表于 2015-4-23 22:29
你好，请问有没有这个软件的破解版，我们学校没有购买

破解版本的好像只有gold5.0版本的，正版的已经到gold5.3版本

本论坛只支持正版软件，不流通盗版的，抱歉

wuxunxun1990

药化神龙 发表于 2015-4-24 13:48
破解版本的好像只有gold5.0版本的，正版的已经到gold5.3版本

本论坛只支持正版软件，不流通盗版的，抱歉 ...

但是我们实验室没有购买，现在又需要，不知道该怎么办呢

川大-灰太狼

做分子对接的，老牌对接软件FlexX可以申请免费1-2个月的试用。和GOLD，GLIDE是齐名的。FlexX的介绍: http://www.biosolveit.de/FlexX/

下载地址：http://www.biosolveit.de/download/

wuxunxun1990

药化神龙 发表于 2015-4-24 16:51
欢迎使用这个试用版本的：做分子对接的，老牌对接软件FlexX可以申请免费1-2个月的试用。和GOLD，GLIDE是 ...

嗯，谢谢版主

药化神龙

wuxunxun1990 发表于 2015-4-24 17:15
嗯，谢谢版主

不客气的

使用盗版软件计算出来的，发文章的时候顾虑的问题很多，还是尽量使用免费的，要好一些，祝好

墨竹晓风

欢迎新版主！ GOLD是我的心头好！