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楼主: 药化神龙

[Gold] GOLD软件疑难解答【版主专贴】

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 楼主| 发表于 2015-4-27 23:50:52 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2015-4-27 14:18
欢迎新版主! GOLD是我的心头好!

谢谢管理员的支持,我会努力学习,服务好大家
发表于 2015-8-6 09:43:23 | 显示全部楼层
版主,我用的是GOLD5.2.2,对接结果显示不出来,点View Solution空白,请问是怎么回事?
发表于 2015-8-6 14:07:31 | 显示全部楼层
栀子花开 发表于 2015-8-6 09:43
版主,我用的是GOLD5.2.2,对接结果显示不出来,点View Solution空白,请问是怎么回事? ...

对接完应该先检查gold.err文件,看有没有fatal error,主要是根据这个文件来修改gold.conf文件。gold.log可以看到对接用了多长时间。
发表于 2015-8-14 17:23:32 | 显示全部楼层
laoman 发表于 2015-8-6 14:07
对接完应该先检查gold.err文件,看有没有fatal error,主要是根据这个文件来修改gold.conf文件。gold.log ...

您好,我看了gold.err文件,是空白,请问我哪里做错了?
发表于 2015-8-14 22:30:17 | 显示全部楼层
本帖最后由 laoman 于 2015-8-14 22:31 编辑
栀子花开 发表于 2015-8-14 17:23
您好,我看了gold.err文件,是空白,请问我哪里做错了?

空白就说明对接过程没有错吧,但5.2.2貌似没有View Solution这个按钮啊?楼主能否截个图看看是哪儿点击的?
如果对接没错,那么应该是在File菜单下点击load GOLD results, 弹出对话框,打开对接目录下的gold.conf(或者其他conf,如果名字被改了的话),然后就可以看结果了。
发表于 2015-8-18 14:21:44 | 显示全部楼层
laoman 发表于 2015-8-14 22:30
空白就说明对接过程没有错吧,但5.2.2貌似没有View Solution这个按钮啊?楼主能否截个图看看是哪儿点击的 ...

可是gold.conf文件只有一个小配体(对接蛋白中含有的那个),显示不出所有的。
发表于 2015-8-18 14:28:01 | 显示全部楼层
laoman 发表于 2015-8-14 22:30
空白就说明对接过程没有错吧,但5.2.2貌似没有View Solution这个按钮啊?楼主能否截个图看看是哪儿点击的 ...

截了图但不知道怎么发过去?
 楼主| 发表于 2015-8-18 21:22:25 | 显示全部楼层
栀子花开 发表于 2015-8-18 14:28
截了图但不知道怎么发过去?

你没有把其它的勾选上吧,一般都有啊

另外,可能你对接的有问题

你可以试试用pmol软件打开对接结果呀
发表于 2015-8-19 09:22:22 | 显示全部楼层
栀子花开 发表于 2015-8-18 14:21
可是gold.conf文件只有一个小配体(对接蛋白中含有的那个),显示不出所有的。 ...

楼主可以把你的gold.conf文件的文本贴出来,大家一看就明白了
发表于 2015-8-19 10:40:56 | 显示全部楼层
药化神龙 发表于 2015-8-18 21:22
你没有把其它的勾选上吧,一般都有啊

另外,可能你对接的有问题

对接没有问题吧,除了没有结果文件,list和Mol2文件都是对的。
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