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[AMBER] Amber做MD的速度问题

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发表于 2015-3-3 20:53:08 | 显示全部楼层 |阅读模式

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各位前辈,小弟用Amber软件做MD,每天只能做几百ps,我每次提交任务只占用一个核,请问有没有多个核并行的方法,或者其他提高MD速度的方法?请各位大神指教,小弟感激不尽!!!
发表于 2015-3-23 20:41:59 | 显示全部楼层
light 发表于 2015-3-23 17:08
借此贴求助,我已经装了并行版的amber,为什么在sander运算的时候,还是只用了一个核,是需要什么命令引 ...

mpirun -np 8 sander.mpi?
发表于 2015-3-3 21:21:18 | 显示全部楼层
Amber的并行需要用并行软件编译,如OpenMPI,MPICH2. 其次,如果是cpu跑amber的MD肯定很慢,希望最快的提升,就是添加一块GPU,请看我以前写的帖子 http://bioms.org/forum.php?mod=v ... &extra=page%3D1
发表于 2015-3-4 09:13:00 | 显示全部楼层
你只占用1个核速度肯定上不去,建议换GPU,或者cpu并行
发表于 2015-3-11 16:00:04 | 显示全部楼层
1 安装软件openmpi,并编译并行版的AMBER,多核并行;
2 安装硬件GPU,使用运算显卡可以极大提高速度;
3 或者更换动力学软件,Gromacs
发表于 2015-3-23 17:08:15 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2015-3-11 16:00
1 安装软件openmpi,并编译并行版的AMBER,多核并行;
2 安装硬件GPU,使用运算显卡可以极大提高速度;
3  ...

借此贴求助,我已经装了并行版的amber,为什么在sander运算的时候,还是只用了一个核,是需要什么命令引导吗,求前辈指点
发表于 2015-3-23 20:56:30 | 显示全部楼层
lrf1980 发表于 2015-3-23 20:41
mpirun -np 8 sander.mpi?

果然是大神啊,可以了。
mpirun -np 8 sander 后面正常输入命令就可以了。
感谢!
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