g_mmpbsa结果讨论

kangsgo · 发表于 2015-11-9 01:02:22

背包旅客发表于 2015-11-6 21:46
你这结果我感觉挺好的呀，为什么你说弱呢？？？主作用的范德华力数据也还可以啊。。。 ...

我看楼主的结合能有2000多，我的才80多·········

背包旅客 · 发表于 2015-11-9 10:16:17

kangsgo 发表于 2015-11-9 01:02
我看楼主的结合能有2000多，我的才80多·········

2000多有点不正常了吧？？？我计算的很强的配体与受体作用也才一百多。。。

kangsgo · 发表于 2015-11-9 12:21:59

背包旅客发表于 2015-11-9 10:16
2000多有点不正常了吧？？？我计算的很强的配体与受体作用也才一百多。。。 ...

好的，谢谢，我之前没有做过，所以我看教程-200多，她的-2000多，所以我虚了

背包旅客 · 发表于 2015-11-12 09:22:00

kangsgo 发表于 2015-11-9 12:21
好的，谢谢，我之前没有做过，所以我看教程-200多，她的-2000多，所以我虚了 ...

慢慢摸索吧。。。我也是新手！

light · 发表于 2015-11-23 11:00:58

kangsgo 发表于 2015-11-9 01:02
我看楼主的结合能有2000多，我的才80多·········

我的两千多算得是有问题的，最后把溶剂常数改为4（我的分子极性比较大），算出来的就是200了。抱歉此贴一直没更新

light · 发表于 2015-11-23 11:03:06

kangsgo 发表于 2015-10-31 19:06
#Complex Number: 1
===============
SUMMARY

我觉得你的结果好不好，得有个参照，有没有reference可以做个比较。不过单从数值上来看，你的结果是比较正常的

kangsgo · 发表于 2015-11-23 20:38:04

light 发表于 2015-11-23 11:00
我的两千多算得是有问题的，最后把溶剂常数改为4（我的分子极性比较大），算出来的就是200了。抱歉此贴一 ...

溶剂常数？mdp里面么？

light · 发表于 2015-11-23 21:55:49

kangsgo 发表于 2015-11-23 20:38
溶剂常数？mdp里面么？

恩，-pdie 4
极性大的体系建议用高一点的溶剂常数，和npbe模型

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