g_mmpbsa结果讨论

light

van der Waal energy      =        -240.118   +/-   18.741 kJ/mol

Electrostattic energy    =       -3204.902   +/-   79.035 kJ/mol

Polar solvation energy   =        1051.308   +/-   41.322 kJ/mol

SASA energy              =         -24.182   +/-    0.938 kJ/mol

Binding energy           =       -2417.894   +/-   58.186 kJ/mol求问各位大神，这个结果如何，算不算正常？能否用于发文章？

kangsgo

#Complex Number:    1
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   SUMMARY   
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van der Waal energy      =        -254.719   +/-   63.394 kJ/mol

Electrostattic energy    =          20.439   +/-   18.627 kJ/mol

Polar solvation energy   =         168.348   +/-   40.091 kJ/mol

SASA energy              =         -15.617   +/-    4.065 kJ/mol

SAV energy               =           0.000   +/-    0.000 kJ/mol

WCA energy               =           0.000   +/-    0.000 kJ/mol

Binding energy           =         -81.550   +/-   33.891 kJ/mol

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    END     
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我这个结果呢····感觉好弱·····

不经意间的呐喊

fanc232 发表于 2015-1-26 09:24
您好，借此贴向您请教一下：各种作用的计算结果是否合理，这个是如何判断的，是按照文献上的计算结果来判 ...

你可以对比一下amber 自由能的计算。gromacs这个工具发文章用的不是很多。你的是什么体系？如果是蛋白配体体系的话一般结合能不会这么大的。你可以看看你APBS软件参数运算的设置。再结合文献。

light

不经意间的呐喊 发表于 2015-1-25 09:32
是配体和受体的结合自由能吗？静电作用和极性溶剂化作用不正常。

是小分子配体和蛋白的结合能。正在想该怎么解决呢。我记得我之前在生成蛋白topology的时候，在pdb2gmx这一步用了-ignh, 不知道会不会是这个原因，蛋白的氢多了？

不经意间的呐喊

是配体和受体的结合自由能吗？静电作用和极性溶剂化作用不正常。

fanc232

不经意间的呐喊 发表于 2015-1-25 09:32
是配体和受体的结合自由能吗？静电作用和极性溶剂化作用不正常。

您好，借此贴向您请教一下：各种作用的计算结果是否合理，这个是如何判断的，是按照文献上的计算结果来判断吗？

fanc232

不经意间的呐喊 发表于 2015-1-26 09:55
你可以对比一下amber 自由能的计算。gromacs这个工具发文章用的不是很多。你的是什么体系？如果是蛋白配 ...

我的是蛋白质-配体的体系。谢谢您的指点！

不经意间的呐喊

light 发表于 2015-1-27 11:47
是小分子配体和蛋白的结合能。正在想该怎么解决呢。我记得我之前在生成蛋白topology的时候，在pdb2gmx这 ...

不是这个原因。你做了他给了教程了吗？你对比下

light

不经意间的呐喊 发表于 2015-1-27 19:36
不是这个原因。你做了他给了教程了吗？你对比下

教程还没有做，我想先用IC50算下理论结合自由能，请问您知道ΔGbind = RT ln（IC50）里面R、T和IC50应该怎么取值吗？

背包旅客

kangsgo 发表于 2015-10-31 19:06
#Complex Number:    1
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   SUMMARY   

你这结果我感觉挺好的呀，为什么你说弱呢？？？主作用的范德华力数据也还可以啊。。。