Gromacs的续跑问题

zhangmao511 · 发表于 2014-12-23 21:48:17

正常来说，Gromacs的MD模拟结束之后，会输出并生成gro,cpt,edr,trr,xtc文件。
tpr是MD的输入文件。

light · 发表于 2014-12-24 16:19:49

zhangmao511 发表于 2014-12-23 21:43
续跑很简单。
tpbconv -s previous.tpr -extend timetoextendby -o next.tpr
mdrun -s next.tpr -cpi previ ...

谢谢，您的这个命令一看我就明白了

light · 发表于 2014-12-24 16:23:49

本帖最后由 light 于 2015-1-22 12:26 编辑

zhangmao511 发表于 2014-12-23 21:46
正常来说，MD之后应该会生成2个轨迹文件，TRR和XTC，TRR是最完整的轨迹文件，XTC是压缩后的轨迹文件。如果 ...

恩，是因为我的md的参数用的有问题

light · 发表于 2014-12-24 16:34:07

zhangmao511 发表于 2014-12-23 21:43
续跑很简单。
tpbconv -s previous.tpr -extend timetoextendby -o next.tpr
mdrun -s next.tpr -cpi previ ...

还想请教下您
mdrun -s next.tpr -cpi previous.cpt
这个命令输出的轨迹文件是延长部分的轨迹文件还是整体的轨迹文件，还需不要我自己把原来的轨迹文件和它拼接啊

zhangmao511 · 发表于 2014-12-25 18:12:28

light 发表于 2014-12-24 16:34
还想请教下您
mdrun -s next.tpr -cpi previous.cpt
这个命令输出的轨迹文件是延长部分的轨迹文件还是整 ...

是延长部分的。你需要将第一次和第二次的XTC文件合并，用trjcat命令。然后，在用第一次的tpr与合并的XTC文件，进行后续的分析。

zhangmao511 · 发表于 2014-12-25 18:14:26

light 发表于 2014-12-24 16:23
恩，是因为我的mdrun的命令用的有问题
之前我是用
mdrun -nt 8 -v -deffnm md 所以生成的文件分别为md.x ...

mdrun -nt 8 -v -deffnm md命令，应该没错吧，我貌似也是这样用的。。

light · 发表于 2014-12-27 09:26:03

zhangmao511 发表于 2014-12-25 18:14
mdrun -nt 8 -v -deffnm md命令，应该没错吧，我貌似也是这样用的。。

那可能就是版本的问题了把，我的是单精度并行版的GMX

帐号		自动登录	找回密码
密码			我想注册

[Gromacs] Gromacs的续跑问题