Gromacs的续跑问题

light

现在我已经跑了5ns，想继续跑5ns
在网上查到的命令是这样的：
tpbconv -f md.trr -s md.tpr -e md.edr -o mdnew.tpr -time 5000 -extend 5000

mdrun -s mdnew.tpr -cpi md.cpt -deffnm mdnew

有两个问题请教大家：
1.trr tpr edr 这三个文件，是否是我第一个5ns跑完后得到的文件？是之前的文件
2.我之前那个5ns跑完了，没有生成trr轨迹文件怎么办，我生成的是单精度的xtc文件
更改md参数：

nstxout     = 0         ; suppress .trr output
nstvout     = 0         ; suppress .trr output
改为：

nstxout     = 500       ;  

nstvout     = 500       ;

已解决，谢谢大家！

fanc232

light 发表于 2014-12-16 16:57
谢谢！我之前mdrun生成的轨迹文件默认是xtc格式，怎么办啊，能转换吗？有没有命令让mdrun直接生成trr的轨 ...

您好，请您用同样的方式，运行mdrun -h，也可能是grompp -h,然后在属性为output的参数里面找（可能后面还加了optional，意思是，可选），看有没有什么参数，能把输出改成trr格式。我自己运行的时候，一般都是输出trr的。
另外，如果您不想再运行一遍，单纯想转化格式，那么我刚才看manual里面，trjconv这个命令或许有用。

light

zhangmao511 发表于 2014-12-23 21:43
续跑很简单。
tpbconv -s previous.tpr -extend timetoextendby -o next.tpr
mdrun -s next.tpr -cpi previ ...

还想请教下您
mdrun -s next.tpr -cpi previous.cpt
这个命令输出的轨迹文件是延长部分的轨迹文件还是整体的轨迹文件，还需不要我自己把原来的轨迹文件和它拼接啊

zhangmao511

light 发表于 2014-12-24 16:34
还想请教下您
mdrun -s next.tpr -cpi previous.cpt
这个命令输出的轨迹文件是延长部分的轨迹文件还是整 ...

是延长部分的。你需要将第一次和第二次的XTC文件合并，用trjcat命令。然后，在用第一次的tpr与合并的XTC文件，进行后续的分析。

fanc232

您可以在客户端界面输入tpbconv（后面加个-h或者--help也行），会弹出GROMACS标志还有底下一大堆参数解释。您从参数解释里面找找-f，看它后面要求的文件后缀名，是只有.trr还是也有.xtc

fanc232

我因为没有续跑过，所以不能回答第一个问题。

dongdawn

第一个问题：是你之前跑完得到的文件

light

fanc232 发表于 2014-12-12 17:40
您可以在客户端界面输入tpbconv（后面加个-h或者--help也行），会弹出GROMACS标志还有底下一大堆参数解释。 ...

谢谢！-h之后显示的只有trr文件

light

dongdawn 发表于 2014-12-16 14:10
第一个问题：是你之前跑完得到的文件

谢谢！我之前mdrun生成的轨迹文件默认是xtc格式，怎么办啊，能转换吗？有没有命令让mdrun直接生成trr的轨迹文件啊

light

fanc232 发表于 2014-12-17 09:11
您好，请您用同样的方式，运行mdrun -h，也可能是grompp -h,然后在属性为output的参数里面找（可能后面还 ...

刚才试了下trjconv -f md.xtc -o md.trr是转换成功了，但是不知道对不对，我先续跑一次试试

zhangmao511

续跑很简单。
tpbconv -s previous.tpr -extend timetoextendby -o next.tpr
mdrun -s next.tpr -cpi previous.cpt
就OK了，so easy..
timetoextendby就是你要延长的时间，你要续跑5NS，就在这里写5000

zhangmao511

正常来说，MD之后应该会生成2个轨迹文件，TRR和XTC，TRR是最完整的轨迹文件，XTC是压缩后的轨迹文件。如果没生成TRR，你检查一下你的命令。
但是续跑是不要求TRR文件的。