【阿里杂谈-1】关于计算模拟如何引入酶催化领域的一点思考

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-2-25 01:52:04

问题2，如果催化过程有成键过渡态产生（酯酶催化酯水解），那么动力学可以吗？还是需要量化？ ...

看来我们是同行啊~哈哈~我也做alpha/beta水解酶家族中的酶嘞~有人直接用MD模拟过渡态与蛋白质的结合的.但是你需要模拟整个水解过程的机制的话，还是需要量化的

zwstudent · 发表于 2013-2-28 20:05:17

我也是做水解酶的，想问一下有机相中能做吗？可以做对接吗？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-9-28 11:19:31

我也是做水解酶的，想问一下有机相中能做吗？可以做对接吗？

水解酶在有机相里相当于就是非水酶学的模拟了呗？是可以做分子动力学模拟的，对接的话考虑不了有机溶剂的效应。

shjwu · 发表于 2013-9-28 11:24:00

1. 我想知道我的蛋白结构和别人的有多相似，活性位点的差异，有木有这个家族共同的结构特征？请用同源模建关于这点，我有点不明白：因为同源模建中，待建模的序列结构未知，所以才需要模板作为提示，甚至是拷贝模板的部分保守结构；也就是说，等于人为地把待建结构往某个家族的结构上靠，所以利用同源模建又怎么能看出来待建模序列与该家族在结构上的关系呢？如果只比较序列的保守性，就不需要建模，通过序列比对就能看出来吧。望指教，谢谢！

zwstudent · 发表于 2013-9-28 11:24:03

谢谢，您有qq号码？想和您讨论一下

狼的诱惑。。 · 发表于 2013-9-29 22:21:58

收获很大。。。

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大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-11-15 01:32:37

1. 我想知道我的蛋白结构和别人的有多相似，活性位点的差异，有木有这个家族共同的结构特征？请用同源模 ...

评价一个蛋白和别的蛋白的相似性，活性位点的差异和家族的共同特征，是可以从多个层面去思考的，单独从一级序列，我们也能得到很多有用的信息，比如保守残基。但是，另外一些相似性，是只能从结构层面去发掘的，比如活性口袋的相似性。这里说的相似性并不仅仅是催化残基，还有负责结合的残基。通过三级结构的比对，可以让我们定性的去了解诸如活性口袋的大小，形状，配体的可能走向(结合对接)，这些信息是不能通过一级序列的比较来衡量出来的。此外，由于你模建的序列和模板蛋白具有一定的差异性，这种差异性在三级结构里是会体现出来的，模建的过程中backbone在序列一致性高的时候，是可以直接拷贝模板蛋白的部分结构的，但是这不影响我们对这个结构的分析呀~因为只要序列一致性不是非常高，他们的三级结构一定是有有区别的地方的，而这些有区别的地方可能就对于酶的选择性，催化活性具有非常重要的影响啊。

历史的留言 · 发表于 2013-11-21 18:35:18

刘明与马克是对好基友

shi16 · 发表于 2015-8-21 11:20:25

大大。分子对接后，为啥要跑分子动力学啊？MD跑个2ns，产物会不会跑成底物啊

c269315986 · 发表于 2017-6-30 11:54:52

阿里大哥，请问不同pH模拟除了人为质子化还有哪些方法？用什么软件比较好？谢谢~

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