LeDock盒子的确定——基于PyMOL Script

小萌物

猫的仁 发表于 2018-10-13 16:34
您好，萌神，我的pymol打不开.dok文件怎么办？

有两种方式: 1. 打开文件时选择所有文件（All files）才能看到.dox文件; 2.把后缀.dox改为.pdb

猫的仁

小萌物 发表于 2018-11-9 15:42
有两种方式: 1. 打开文件时选择所有文件（All files）才能看到.dox文件; 2.把后缀.dox改为.pdb ...

选择所有文件了，看到.dok文件了，但是还是打不开，用第二种方法打开了。

qinpei8901

前辈您好，不好意思打扰了，有个问题想请教下您，我在题为Using LeDock as a docking tool for computational drug design这篇中看到作者使用您的插件进行box的设置，设置为80Å × 80Å × 80 Å，这个盒子是不是很大啊，如何实现呢，是不是有点binding dock的意思？我现在也想用ledock进行binding dock，我设了很大的extending的时候，比如80时（包括整个蛋白），程序就报错，无法运行了。是不是ledock不支持设置那么大的box呢？

guoniu35

感谢分享，但是我的这个plugin manager 总是报错，不能用，是怎么回事？谢谢

panacea008

谢谢大神的分享，请教一下，2.3的pymol plugin里没这个选项我怎么安装插件呢

panacea008

小萌物 发表于 2018-2-3 22:35
最近偶然发现原来的代码有点小问题：1. 对python 3.x不支持；2. 在PyMOL 1.8中运行出错。

目前已修改bug， ...

大佬，pymol2.3的getbox插件在哪儿可以下载呢

panacea008

大佬大佬，已经安装好了getbox插件，原来是我安装pymol时plugin manager出错了，重新卸载后安装新的就可以按照你说的方法安装了，已安装，多谢大神

panacea008

guoniu35 发表于 2020-6-18 09:47
感谢分享，但是我的这个plugin manager 总是报错，不能用，是怎么回事？谢谢

试试这个方法，先把pmw删除，然后安装新下载的。下面是操作步骤https://www.novopro.cn/articles/201911271192.html
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