LeDock盒子的确定——基于PyMOL Script

xiaoruoqiu

greatzdl

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17110209

各位前辈们好，为啥我安装过插件后，在Pymol里选择生成BOX的时候却成了如图这个样子，偏离的太远了，什么情况？不过我的受体不是蛋白，是一个脂多糖，细菌的LPS，难道跟这个有关？求老师们解释下，谢谢

小萌物

17110209 发表于 2016-8-11 13:58
各位前辈们好，为啥我安装过插件后，在Pymol里选择生成BOX的时候却成了如图这个样子，偏离的太远了，什么情 ...

这个插件的原理是根据大分子中包含的小分子（不包括水、离子）的坐标来确定box的坐标和大小，所以如果你的大分子里面没有小分子配体，用自动获取Box（Autodetect box）就会出现问题。不过可以通过pymol选定一个或多个活性空穴附近的残基或小分子（最好是有文献报道的），按Get box from selection可以生成box。可以再通过showbox代码调整box位置和大小。

17110209

小萌物 发表于 2016-8-11 15:01
这个插件的原理是根据大分子中包含的小分子（不包括水、离子）的坐标来确定box的坐标和大小，所以如果你 ...

好吧，谢谢萌神！不过我还有一个疑问，用Ledock对接后的结果，怎么显示结合部位？比如氢键什么的？谢谢

小萌物

17110209 发表于 2016-8-11 17:27
好吧，谢谢萌神！不过我还有一个疑问，用Ledock对接后的结果，怎么显示结合部位？比如氢键什么的？谢谢 ...

LeDock对接后会产生一个.dok文件，.dok文件本质上是.pdb文件，可以用不同的软件来分析对接结果（比如PyMOL、Discovery Studio、ligplot+、VMD等等）；举个pymol的例子：pymol打开蛋白，去除小分子后，再打开.dok文件（建议打开之前用记事本打开.dok文件，将END替换为ENDMDL，这样更好分析），再依次点击All->A(Action)->Present->ligand site->cartoon就会显示出氢键作用。如果用别的软件分析，最好将.dok文件中你需要的构象保存为.pdb再在别的软件中分析，Discovery Studio、ligplot+等都是支持pdb的，这些软件比PyMOL分析的信息多一些，自己选择吧，都很好用，但就图好看程度而言，首先推荐PyMOL。

17110209

好的，谢谢！

小萌物

最近偶然发现原来的代码有点小问题：1. 对python 3.x不支持；2. 在PyMOL 1.8中运行出错。

目前已修改bug，并增加对AutoDock盒子的输出，兼容Python 2.x， python 3.x和PyMOL 1.x。最新版请见原文更新的附件。欢迎提出改进意见，谢谢。

目前插件分析结果的输出格式如下，支持LeDock，AutoDock和Vina：
[mw_shl_code=python,true]# LeDock  
Binding pocket  
xmin xmax  
ymin ymax  
zmin zmax

# Autodock Vina  
--center_x xx.x --center_y xx.x --center_z xx.x --size_x xx.x --size_y xx.x --size_z xx.x  

# AutoDock  .gpf文件中的盒子格式
npts npX npY npZ # num. grid points in xyz # XYZ轴上的格点数
spacing 0.375 # spacing (A) #格点间距离 （单位：埃）
gridcenter CenterX, CenterY, CenterZ # xyz-coordinates or auto # 盒子中心坐标[/mw_shl_code]

下图为AutoDock中对接盒子的设置界面，可以看出，上面的代码格式中包含了所需参数。

                               
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xufund

谢谢楼主更新啊

猫的仁

小萌物 发表于 2016-8-15 09:27
LeDock对接后会产生一个.dok文件，.dok文件本质上是.pdb文件，可以用不同的软件来分析对接结果（比如PyMO ...

您好，萌神，我的pymol打不开.dok文件怎么办？