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楼主: 小萌物

[其他] LeDock盒子的确定——基于PyMOL Script

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发表于 2015-12-4 12:05:18 | 显示全部楼层
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发表于 2016-8-11 13:58:41 | 显示全部楼层
各位前辈们好,为啥我安装过插件后,在Pymol里选择生成BOX的时候却成了如图这个样子,偏离的太远了,什么情况?不过我的受体不是蛋白,是一个脂多糖,细菌的LPS,难道跟这个有关?求老师们解释下,谢谢
搜狗截图16年08月11日1358_1.png
 楼主| 发表于 2016-8-11 15:01:52 | 显示全部楼层
17110209 发表于 2016-8-11 13:58
各位前辈们好,为啥我安装过插件后,在Pymol里选择生成BOX的时候却成了如图这个样子,偏离的太远了,什么情 ...

这个插件的原理是根据大分子中包含的小分子(不包括水、离子)的坐标来确定box的坐标和大小,所以如果你的大分子里面没有小分子配体,用自动获取Box(Autodetect box)就会出现问题。不过可以通过pymol选定一个或多个活性空穴附近的残基或小分子(最好是有文献报道的),按Get box from selection可以生成box。可以再通过showbox代码调整box位置和大小。
发表于 2016-8-11 17:27:06 | 显示全部楼层
小萌物 发表于 2016-8-11 15:01
这个插件的原理是根据大分子中包含的小分子(不包括水、离子)的坐标来确定box的坐标和大小,所以如果你 ...

好吧,谢谢萌神!不过我还有一个疑问,用Ledock对接后的结果,怎么显示结合部位?比如氢键什么的?谢谢
 楼主| 发表于 2016-8-15 09:27:30 | 显示全部楼层
17110209 发表于 2016-8-11 17:27
好吧,谢谢萌神!不过我还有一个疑问,用Ledock对接后的结果,怎么显示结合部位?比如氢键什么的?谢谢 ...

LeDock对接后会产生一个.dok文件,.dok文件本质上是.pdb文件,可以用不同的软件来分析对接结果(比如PyMOL、Discovery Studio、ligplot+、VMD等等);举个pymol的例子:pymol打开蛋白,去除小分子后,再打开.dok文件(建议打开之前用记事本打开.dok文件,将END替换为ENDMDL,这样更好分析),再依次点击All->A(Action)->Present->ligand site->cartoon就会显示出氢键作用。如果用别的软件分析,最好将.dok文件中你需要的构象保存为.pdb再在别的软件中分析,Discovery Studio、ligplot+等都是支持pdb的,这些软件比PyMOL分析的信息多一些,自己选择吧,都很好用,但就图好看程度而言,首先推荐PyMOL。
 楼主| 发表于 2018-2-3 22:35:53 | 显示全部楼层
最近偶然发现原来的代码有点小问题:1. 对python 3.x不支持;2. 在PyMOL 1.8中运行出错。

目前已修改bug,并增加对AutoDock盒子的输出,兼容Python 2.x, python 3.x和PyMOL 1.x。最新版请见原文更新的附件。欢迎提出改进意见,谢谢。

目前插件分析结果的输出格式如下,支持LeDock,AutoDock和Vina:
[mw_shl_code=python,true]# LeDock  
Binding pocket  
xmin xmax  
ymin ymax  
zmin zmax

# Autodock Vina  
--center_x xx.x --center_y xx.x --center_z xx.x --size_x xx.x --size_y xx.x --size_z xx.x  

# AutoDock  .gpf文件中的盒子格式
npts npX npY npZ # num. grid points in xyz # XYZ轴上的格点数
spacing 0.375 # spacing (A) #格点间距离 (单位:埃)
gridcenter CenterX, CenterY, CenterZ # xyz-coordinates or auto # 盒子中心坐标[/mw_shl_code]

下图为AutoDock中对接盒子的设置界面,可以看出,上面的代码格式中包含了所需参数。

                               
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发表于 2018-3-14 13:04:26 | 显示全部楼层
谢谢楼主更新啊
发表于 2018-10-13 16:34:45 | 显示全部楼层
小萌物 发表于 2016-8-15 09:27
LeDock对接后会产生一个.dok文件,.dok文件本质上是.pdb文件,可以用不同的软件来分析对接结果(比如PyMO ...

您好,萌神,我的pymol打不开.dok文件怎么办?
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