拉伸分子动力学PMF分析

jianchen7882

开心果 发表于 2014-7-1 17:32

                               
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哦哦 我不是取的平均结构 我是用常规模拟中的最后几个构象做的重复   ，像你那样取平均结构还蛮好的  是 ...

都差不多，我也是刚开始没多久，现在卡在了自由能计算上，不会算，做过吗？

jianchen7882

开心果 发表于 2014-7-1 17:32

                               
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呵呵要是有相关文献能发给我一份吗

是这个意思的文献吗？Dynamic Mechanism of E2020 Binding to Acetylcholinesterase: A Steered Molecular Dynamics Simulation
还是具体做法的，具体做法的没有

jianchen7882

开心果 发表于 2014-7-1 17:34

                               
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哦  脑袋不好用了 忘了说声谢谢了  嘿嘿

我在群里网名叫文士   可以加下我吗，我也是刚开始弄，很多的不懂的，问下你

璐璐

我对拉伸动力学和伞型取样分析还是有点儿不太明白，对于恒力拉伸的体系，在计算PMF时与恒速拉伸有什么差异啊？