拉伸分子动力学PMF分析

jianchen7882

各位 大神好：
按照http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... la/07_analysis.html 教程进行了拉伸分子动力学，但是自己做的时候并不是沿着Z轴拉伸的，而是，x,y,z三个轴都有拉伸，请问进行PMF结果分析时，再按照原来的命令（g_wham -it tpr-files.dat -if pullf-files.dat -o -hist -unit kCal）还可以吗，谢谢，或者帮忙解释一下啊，谢谢了

璐璐

我对拉伸动力学和伞型取样分析还是有点儿不太明白，对于恒力拉伸的体系，在计算PMF时与恒速拉伸有什么差异啊？

开心果

呵呵 我不是回答问题的 我还没有做到这呢 是想向你讨教一下的

我也在做拉伸分子动力学 ，现在我把配体从受体中拉出来了 但是我想看一下在这个拉伸的过程中拉力的变化（我是用常速）用gromacs 如何输入命令进行分析啊

fanc232

开心果 发表于 2014-6-26 14:41

                               
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呵呵 我不是回答问题的 我还没有做到这呢 是想向你讨教一下的

我也在做拉伸分子动力学 ，现在我把配体 ...

呵呵，一楼的三个方向同时拉伸我没做过，抱歉帮不上忙......二楼的我知道。你看一下教程http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... umbrella/index.html，里面有教你，如何获得pullf.xvg文件。这个xvg文件加载到excel里面就可以绘图了。横坐标是拉伸聚力reaction axis，纵坐标是拉力。

jianchen7882

开心果 发表于 2014-6-26 14:41

                               
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呵呵 我不是回答问题的 我还没有做到这呢 是想向你讨教一下的

我也在做拉伸分子动力学 ，现在我把配体 ...

在拉伸结束之后不用在进行分析，直接会生成一个拉力变化的pullf.xvg文件，文件名似乎就是这个，你找找吧

开心果

jianchen7882 发表于 2014-6-27 08:20

                               
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在拉伸结束之后不用在进行分析，直接会生成一个拉力变化的pullf.xvg文件，文件名似乎就是这个，你找找吧 ...

恩 谢谢哦   是的 找到了 拉出的结果还不错 老师让我重新再去两个点做一下重复 想问一下常规优化完的配体和受体复合物pdb结构   在进行拉伸的时候我是把配体的坐标copy下来然后通过PRODRG网页来获得配体的.gro文件和.itp文件的（呵呵 想问一下您也是这样获得配体的topology文件的吗 ）我取的是常规模拟时的三个点39998ps、39999ps还有400000ps  但是通过PRODRG输出这三点配体的.gro文件和.itp文件，结果发现这三点的itp文件是一样的是不是就是说同一个配体不同的模拟时间点取样都可以用同一个itp文件呀    但是发现39999和400000的gro文件竟然也是一样的 这是怎么回事呢

开心果

fanc232 发表于 2014-6-26 20:56

                               
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呵呵，一楼的三个方向同时拉伸我没做过，抱歉帮不上忙......二楼的我知道。你看一下教程http://www.bevan ...

谢谢哦

jianchen7882

开心果 发表于 2014-6-29 15:11

                               
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恩 谢谢哦   是的 找到了 拉出的结果还不错 老师让我重新再去两个点做一下重复 想问一下常规优化完的配 ...

不是特别明白你说的意思，我是直接取的优化后的平均构象，再用PRODRG网站处理做的

开心果

jianchen7882 发表于 2014-6-30 15:58

                               
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不是特别明白你说的意思，我是直接取的优化后的平均构象，再用PRODRG网站处理做的 ...

哦哦 我不是取的平均结构 我是用常规模拟中的最后几个构象做的重复   ，像你那样取平均结构还蛮好的  是大多数都这样做吗  有相关的文献吗 嘿嘿 我还是对这个挺生疏的

开心果

jianchen7882 发表于 2014-6-30 15:58

                               
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不是特别明白你说的意思，我是直接取的优化后的平均构象，再用PRODRG网站处理做的 ...

呵呵要是有相关文献能发给我一份吗

开心果

jianchen7882 发表于 2014-6-30 15:58

                               
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不是特别明白你说的意思，我是直接取的优化后的平均构象，再用PRODRG网站处理做的 ...

哦  脑袋不好用了 忘了说声谢谢了  嘿嘿