gromacs拉伸出现错误

开心果 · 发表于 2014-5-27 14:16:50

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大家好我用gromacs做蛋白和配体的拉伸动力学模拟现在我做到 md 这一步了出现了错误但不知道怎样解决求解决谢谢哦我把相应的文件附上去希望有懂得大侠们帮忙好好看一下错误信息.gif

jianchen7882 · 发表于 2014-5-29 17:22:48

支持一下楼主，俺这段时间也再学习这个东西，啥原因也不知道，是不是电荷平衡的事情

开心果 · 发表于 2014-5-30 15:56:26

jianchen7882 发表于 2014-5-29 17:22

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支持一下楼主，俺这段时间也再学习这个东西，啥原因也不知道，是不是电荷平衡的事情 ...

还不知道怎么回事呢我缩短步长了但是也是出现同样的错误有说是个别系统的原因但是我用其他的服务器也出现了同样的问题看样子确实是我本身体系的问题可能是没有平衡好吧还不知道呵呵如果解决了告诉我一下啊谢谢了呀

jianchen7882 · 发表于 2014-6-2 17:39:10

开心果发表于 2014-5-30 15:56

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还不知道怎么回事呢我缩短步长了但是也是出现同样的错误有说是个别系统的原因但是我用其他的服务器也 ...

调整步数，别修改步长，修改步长会错误，但是调整步数可以

gchen001 · 发表于 2014-6-3 23:52:18

可能是体系不大适合用PME法算静电相互作用，可以换个方法算静电力试试 shift之类的；或者用1个节点跑会儿，让体系慢慢平衡，mdrun -nt 1 -v -deffnm；也可缩短步长，1fs试试；都试下还是不行的话就可能是建模的时候有问题了，比如键，键角如果是自己写的话可能写错了~~祝好

开心果 · 发表于 2014-6-7 08:58:07

gchen001 发表于 2014-6-3 23:52

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可能是体系不大适合用PME法算静电相互作用，可以换个方法算静电力试试 shift之类的；或者用1个节点跑会儿， ...

谢谢哦

开心果 · 发表于 2014-6-7 08:58:51

jianchen7882 发表于 2014-6-2 17:39

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调整步数，别修改步长，修改步长会错误，但是调整步数可以

好的谢谢建议

开心果 · 发表于 2014-6-26 14:43:23

gchen001 发表于 2014-6-3 23:52

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可能是体系不大适合用PME法算静电相互作用，可以换个方法算静电力试试 shift之类的；或者用1个节点跑会儿， ...

你好在吗我在做拉伸分子动力学，现在我把配体从受体中拉出来了但是我想看一下在这个拉伸的过程中拉力的变化（我是用常速）用gromacs 如何输入命令进行分析啊

gchen001 · 发表于 2014-6-28 12:31:38

开心果发表于 2014-6-26 14:43

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你好在吗我在做拉伸分子动力学，现在我把配体从受体中拉出来了但是我想看一下在这个拉伸的过程中拉力 ...

输出的应该有力的文件吧，直接就可以看了 mdrun -pf XXX.xvg 就看你的XXX.xvg 文件

gchen001 · 发表于 2014-6-28 12:31:53

输出的应该有力的文件吧，直接就可以看了 mdrun -pf XXX.xvg 就看你的XXX.xvg 文件

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[Gromacs] gromacs拉伸出现错误