组氨酸质子化状态的问题

北京2013 · 发表于 2014-5-17 10:47:10

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本人现在打算用Amber跑分子动力学，需要先确定蛋白大分子中组氨酸质子化状态，以便更改为相应的残基名，请问各位大神，怎样才能确定这些组氨酸的质子化状态呢？请大家不吝赐教，非常感谢大家的帮忙

墨竹晓风 · 发表于 2014-5-18 10:28:34

北京2013 · 发表于 2014-5-19 14:52:45

墨竹晓风发表于 2014-5-18 10:28

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解决方案之一
http://bioms.org/thread-388-1-1.html

非常感谢您的回复，我还有两个问题想请教您一下，第一，从PDB库中下载下来的蛋白中的组氨酸的残基名都是HIS，如果按照您提供的方案，我是不是可以理解为我只要用看图软件观察H是在那个N上就行呢？第二，如果我不修改的话，会有什么影响呢？在感谢您

北京2013 · 发表于 2014-5-19 14:53:07

墨竹晓风发表于 2014-5-18 10:28

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解决方案之一
http://bioms.org/thread-388-1-1.html

非常感谢您的回复，我还有两个问题想请教您一下，第一，从PDB库中下载下来的蛋白中的组氨酸的残基名都是HIS，如果按照您提供的方案，我是不是可以理解为我只要用看图软件观察H是在那个N上就行呢？第二，如果我不修改的话，会有什么影响呢？在感谢您

墨竹晓风 · 发表于 2014-5-20 13:41:57

北京2013 发表于 2014-5-19 14:52

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非常感谢您的回复，我还有两个问题想请教您一下，第一，从PDB库中下载下来的蛋白中的组氨酸的残基名都是H ...

需要通过软件预测，比如H++

北京2013 · 发表于 2014-5-29 21:38:08

本帖最后由墨竹晓风于 2014-5-29 22:18 编辑

墨竹晓风发表于 2014-5-20 13:41

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需要通过软件预测，比如H++

最近稍微研究了一下H++，想请教前辈一下，那个PH值是用默认值还是从PDB库中下载下来的蛋白中提到的实验PH值呢？

墨竹晓风 · 发表于 2014-5-29 22:18:36

北京2013 发表于 2014-5-29 21:38

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最近稍微研究了一下H++，想请教前辈一下，那个PH值是用默认值还是从PDB库中下载下来的蛋白中提到的实验PH ...

使用试验PH吧

北京2013 · 发表于 2014-5-30 18:23:14

墨竹晓风发表于 2014-5-29 22:18

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使用试验PH吧

谢谢您的耐心解答

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[AMBER] 组氨酸质子化状态的问题