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[AMBER] 组氨酸质子化状态的问题

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发表于 2014-5-17 10:47:10 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本人现在打算用Amber跑分子动力学,需要先确定蛋白大分子中组氨酸质子化状态,以便更改为相应的残基名,请问各位大神,怎样才能确定这些组氨酸的质子化状态呢?请大家不吝赐教,非常感谢大家的帮忙
发表于 2014-5-18 10:28:34 | 显示全部楼层

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 楼主| 发表于 2014-5-19 14:52:45 | 显示全部楼层

非常感谢您的回复,我还有两个问题想请教您一下,第一,从PDB库中下载下来的蛋白中的组氨酸的残基名都是HIS,如果按照您提供的方案,我是不是可以理解为我只要用看图软件观察H是在那个N上就行呢?第二,如果我不修改的话,会有什么影响呢?在感谢您
 楼主| 发表于 2014-5-19 14:53:07 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2014-5-18 10:28
解决方案之一
http://bioms.org/thread-388-1-1.html

非常感谢您的回复,我还有两个问题想请教您一下,第一,从PDB库中下载下来的蛋白中的组氨酸的残基名都是HIS,如果按照您提供的方案,我是不是可以理解为我只要用看图软件观察H是在那个N上就行呢?第二,如果我不修改的话,会有什么影响呢?在感谢您
发表于 2014-5-20 13:41:57 | 显示全部楼层
北京2013 发表于 2014-5-19 14:52
非常感谢您的回复,我还有两个问题想请教您一下,第一,从PDB库中下载下来的蛋白中的组氨酸的残基名都是H ...

需要通过软件预测,比如H++
 楼主| 发表于 2014-5-29 21:38:08 | 显示全部楼层
本帖最后由 墨竹晓风 于 2014-5-29 22:18 编辑
墨竹晓风 发表于 2014-5-20 13:41
需要通过软件预测,比如H++

最近稍微研究了一下H++,想请教前辈一下,那个PH值是用默认值还是从PDB库中下载下来的蛋白中提到的实验PH值呢?


发表于 2014-5-29 22:18:36 | 显示全部楼层
北京2013 发表于 2014-5-29 21:38
最近稍微研究了一下H++,想请教前辈一下,那个PH值是用默认值还是从PDB库中下载下来的蛋白中提到的实验PH ...

使用试验PH吧
 楼主| 发表于 2014-5-30 18:23:14 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2014-5-29 22:18
使用试验PH吧

谢谢您的耐心解答
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