GROMACS计算MMPBSA

eming

light 发表于 2014-11-26 11:03
大神能帮我看下，我的安装是哪里出错了吗。。

不知道你的gfortran是否安装完好？

eming

果冻 发表于 2014-11-26 21:26
版主，怎样让gromacs生成静态库编译
在安装g_mmpbsa的时候，--with-gmx-lib这个命令找不到文件，是不是GMX ...

整个安装就是那14行命令，不知道你具体是咋做的？

果冻

eming 发表于 2014-11-26 21:56
整个安装就是那14行命令，不知道你具体是咋做的？

我安装gromacs的时候用了。/configure
没有用cmake
应该是这里出错了，我去改回来

果冻

eming 发表于 2014-11-26 21:56
整个安装就是那14行命令，不知道你具体是咋做的？

现在终于安装好了
谢谢你的帖子

暗地纯白

先收藏，慢慢研究，大神之作。飞天

light

van der Waal energy      =        -240.118   +/-   18.741 kJ/mol

Electrostattic energy    =       -3204.902   +/-   79.035 kJ/mol

Polar solvation energy   =        1051.308   +/-   41.322 kJ/mol

SASA energy              =         -24.182   +/-    0.938 kJ/mol

Binding energy           =       -2417.894   +/-   58.186 kJ/mol
飞天哥能不能帮我看下我这个结果，算得还算正常吗

fanc232

您好，实在是着急又找不到资料，所以跑来特地向您请教一个问题：我想做一个蛋白质-配体复合体的动力学模拟，用PBSA来计算受体和配体之间的作用力大小；现在蛋白质在远离活性位点的一个位置上缺失一小段肽链（主链，包括七个氨基酸残基）。请问是否可以直接做动力学模拟？如需补全肽链，是否有推荐的软件？
先谢谢您啊！

eming

fanc232 发表于 2015-3-12 11:01
您好，实在是着急又找不到资料，所以跑来特地向您请教一个问题：我想做一个蛋白质-配体复合体的动力学模拟 ...

http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1280

fanc232

eming 发表于 2015-3-16 04:33
http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1280

太好了，谢谢啊大神！

Laide

请问一下在运行完PB计算以后得到的.dat文件里每个氨基酸某一帧得到的数值代表的是什么啊？