AMBER: MM_PBSA No radius found for Br19解决方法

璐璐

以前计算结合能的时候遇到的一个错误，已解决，共享下
错误如下：
No radius found for Br19  4763 in residue MOL  443
Died at /home/*/software/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_calceneent.pm line 660, <PDB> line 4766.

解决方法：
修改上述目录里的mm_pbsa_calceneent.pm文件，generate_pqr()函数下，修改如下，黄色的Br原子的信息是新添加上的：

if(exists $r_del->{"IVCAP"} && ($r_del->{"IVCAP"} == 1 || $r_del->{"IVCAP"} == 5)){
    # Prepare for calc of molecular surface
    %exp_rad = (
                   "N"    => 1.550,
                   "H"    => 1.200,
                   "C"    => 1.700,
                   "O"    => 1.500,
                   "P"    => 1.800,
                   "S"    => 1.800,
                   "FE"   => 1.300,
                   "Na+"  => 1.200,
                   "Cl-"  => 1.700,
                   "MG"   => 1.180,
                   "Br19" => 1.850,
                   );
   }
   else{
     # Prepare for calc of molecular surface
     %exp_rad = (
                    "N"    => 1.550 + 1.400,
                    "H"    => 1.200 + 1.400,
                    "C"    => 1.700 + 1.400,
                    "O"    => 1.500 + 1.400,
                    "P"     => 1.800 + 1.400,
                    "S"     => 1.800 + 1.400,
                    "FE"   => 1.300 + 1.400,
                    "Na+" => 1.200 + 1.400,
                    "Cl-"   => 1.700 + 1.400,
                    "MG"   => 1.180 + 1.400,
                   "Br19" => 1.850 + 1.400,
                   );
之后重新编译amber软件，进入$AMBERHOME/src 目录下，
./configure_amber -mpich2 ifort
make parallel
我之前Br原子后面的序号没写，仍出错，同时还要注意与上面的原子信息要对齐，格式一致。