关于AMBER动力学蛋白质准备过程中Histidine 的质子化预测及...

小草 · 发表于 2013-3-8 10:40:27

墨竹晓风发表于 2013-3-8 09:45

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是的，自动加H都加成一样的

嗯，谢谢墨

墨竹晓风 · 发表于 2013-9-14 17:49:54

qian430 发表于 2013-9-13 09:59

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墨，在用H++处理pdb的过程中，其他可以质子化的残基有没有也得到合适的处理，如ASP,GLU，ARG？他们不需要在 ...

不用的，因为不会影响成H键

zmj1985110 · 发表于 2014-7-31 11:16:37

老师，您好！我看到您分析HIE以及HIS的区别，我有个问题想问您，我计算的体系中，HIS会和配体小分子形成氢键，但是再跑Amber的时候HIS成了HIE，最后的计算结果HIE和配体小分子形成了氢键，这样的结果是否正确呢？也就是我没有改正HIE为HIS，这样做正确吗？还是必须改成原来HIS呢？请老师给予指点！谢谢！

墨竹晓风 · 发表于 2014-8-1 18:18:35

zmj1985110 发表于 2014-7-31 11:16

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老师，您好！我看到您分析HIE以及HIS的区别，我有个问题想问您，我计算的体系中，HIS会和配体小分子形成氢 ...

你好，不用改成His。在AMBER中，只有HIE,HID,HIP三种形式。

xpyp · 发表于 2014-9-26 02:50:00

tleap可以读入 .pqr文件吗？

墨竹晓风 · 发表于 2014-9-26 09:13:13

xpyp 发表于 2014-9-26 02:50
tleap可以读入 .pqr文件吗？

不知道，没有用过。你查下amber说明书，里面应该有支持的格式

Kamala · 发表于 2021-6-4 09:58:37

HIP中他们的双键是哪种双键呢，如何用软件修改成HIP，并且优化后不变成HIE

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