分子对接软件性能评测

iovvoi

fireflying 发表于 2014-9-20 19:25
RMSD

看的我竟然也是醉了，我回去读一下楼主推荐的文章。
请教楼主，不知楼主是否做过结晶实验，晶体结构中的水到底是什么，是结晶杂质吗？还是活性必须?
对接是应保留关键水分子，再做对接？还是做完对接，采用3DRISM或watermap再重新规划水分子，考虑溶剂化效应，优化配体结合呢？

fireflying

iovvoi 发表于 2014-9-25 12:27
看的我竟然也是醉了，我回去读一下楼主推荐的文章。
请教楼主，不知楼主是否做过结晶实验，晶体结构中的 ...

我不做结晶实验，有专门的晶体学家做晶体实验。晶体中的水不是结晶杂质，也不应简单地理解为活性必须。结晶是在水溶液中进行的，蛋白晶体的含水量可能超过了50%以上，具体的数据请查阅有关文献。

理论上对接不需要保留任何结晶水，如果对接软件充分考虑了去溶剂化效果。不过，去溶剂化是个很头疼、也比较有争议的话题，计算结果是差强人意。在这种情况下，有时候需要保留结晶水。大多数靶点，尤其是激酶，对接时候往往不需要保留任何的结晶水。有些靶点如BRD4，保留结晶水则似乎是必要的。具体问题具体分析，调整参数直到获得满意结果为止。文中的测试没有保留任何的结晶水。

做完对接的后续处理，这是个有趣的话题，有兴趣的话可以展开讨论。

浪模拟

楼主可是 Hongtao Zhao 么，牛人啊。
转入正题，问个问题，文章中的蛋白质ZAP70的结构怎么确定的？我在pdb里面木有它的的结构。但是能搜到相关的一些蛋白质，像2OZO,2CBL，他们的名字中都有ZAP70，搞不懂他们之间的关系！望指教。

米小梦

你好楼主，我想下载ledock,但在所说的lephar网站一直打不开，不知道是什么原因，希望楼主看到后分享一个压缩包吧，楼楼好人~~~

fireflying

米小梦 发表于 2015-12-10 20:58
你好楼主，我想下载ledock,但在所说的lephar网站一直打不开，不知道是什么原因，希望楼主看到后分享一个压 ...

可能国内打开网页比较慢，应该还是能下载的。你的操作系统是什么？

欢迎加入LeDock QQ群：325901617

另外LePhar的化学信息学软件LeFrag也很有特色。LeWater可用于虚拟筛选、结构优化等。

米小梦22

你好大神，请问配体的优化一般用什么软件，我用chenm marvin生成的3D模型去对接，成功率都不怎么高