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楼主: fireflying

[其他] 分子对接软件性能评测

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发表于 2014-9-25 12:27:41 | 显示全部楼层

看的我竟然也是醉了,我回去读一下楼主推荐的文章。
请教楼主,不知楼主是否做过结晶实验,晶体结构中的水到底是什么,是结晶杂质吗?还是活性必须?
对接是应保留关键水分子,再做对接?还是做完对接,采用3DRISM或watermap再重新规划水分子,考虑溶剂化效应,优化配体结合呢?
 楼主| 发表于 2014-9-25 14:31:55 | 显示全部楼层
iovvoi 发表于 2014-9-25 12:27
看的我竟然也是醉了,我回去读一下楼主推荐的文章。
请教楼主,不知楼主是否做过结晶实验,晶体结构中的 ...

我不做结晶实验,有专门的晶体学家做晶体实验。晶体中的水不是结晶杂质,也不应简单地理解为活性必须。结晶是在水溶液中进行的,蛋白晶体的含水量可能超过了50%以上,具体的数据请查阅有关文献。

理论上对接不需要保留任何结晶水,如果对接软件充分考虑了去溶剂化效果。不过,去溶剂化是个很头疼、也比较有争议的话题,计算结果是差强人意。在这种情况下,有时候需要保留结晶水。大多数靶点,尤其是激酶,对接时候往往不需要保留任何的结晶水。有些靶点如BRD4,保留结晶水则似乎是必要的。具体问题具体分析,调整参数直到获得满意结果为止。文中的测试没有保留任何的结晶水。

做完对接的后续处理,这是个有趣的话题,有兴趣的话可以展开讨论。
发表于 2014-9-26 17:26:05 | 显示全部楼层
楼主可是 Hongtao Zhao 么,牛人啊。
转入正题,问个问题,文章中的蛋白质ZAP70的结构怎么确定的?我在pdb里面木有它的的结构。但是能搜到相关的一些蛋白质,像2OZO,2CBL,他们的名字中都有ZAP70,搞不懂他们之间的关系!望指教。
发表于 2015-12-10 20:58:23 | 显示全部楼层
你好楼主,我想下载ledock,但在所说的lephar网站一直打不开,不知道是什么原因,希望楼主看到后分享一个压缩包吧,楼楼好人~~~
 楼主| 发表于 2015-12-11 15:46:01 | 显示全部楼层
米小梦 发表于 2015-12-10 20:58
你好楼主,我想下载ledock,但在所说的lephar网站一直打不开,不知道是什么原因,希望楼主看到后分享一个压 ...

可能国内打开网页比较慢,应该还是能下载的。你的操作系统是什么?

欢迎加入LeDock QQ群:325901617

另外LePhar的化学信息学软件LeFrag也很有特色。LeWater可用于虚拟筛选、结构优化等。
发表于 2016-1-5 19:18:37 | 显示全部楼层
你好大神,请问配体的优化一般用什么软件,我用chenm marvin生成的3D模型去对接,成功率都不怎么高
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