分子对接软件性能评测

fireflying

浪模拟 发表于 2014-9-19 18:54
额， 没有找到，联接直接在这儿给吧，好人楼主

http://lephar.com点击Publications

iovvoi

95%  ?

看来结晶实验都省了

fireflying

iovvoi 发表于 2014-9-19 21:07
95%  ?

看来结晶实验都省了

您自己试一试不就知道了吗？连test set都给您准备好了，鼠标点点这点小事都不愿尝试一下。真是佩服您怀疑一切的精神。

即使100%准确也不能说结晶实验就省了，两码事，啥逻辑啊？！

浪模拟

fireflying 发表于 2014-9-19 20:22
http://lephar.com点击Publications

发的杂志都挺好，学习

iovvoi

fireflying 发表于 2014-9-19 22:01
您自己试一试不就知道了吗？连test set都给您准备好了，鼠标点点这点小事都不愿尝试一下。真是佩服您怀疑 ...

THX,  你这95%的分母是24？ 准确性是RMSD<2？

fireflying

iovvoi 发表于 2014-9-20 10:36
THX,  你这95%的分母是24？ 准确性是RMSD

RMSD<2 A，是目前文献中标准的评判方法，您可以有不同的意见，我很可能也同意你的观点，但还是请您在评论之前先分析一下数据，毕竟数据就在那边。

在JCIM文献中的24个晶体结构上LeDock的成功率是96%，在Astex Diversity Set的85个晶体结构[J Med Chem]上LeDock的成功率是94%。LeDock针对激酶还专门测试过100个晶体结构，成功率是98%。此外，LeDock在Prospective Application中找到了一打以上的Kinase及Bromodomain的新颖活性结构，其中针对Bromodomain的两个化合物与其蛋白复合物晶体结构中的结合构象跟LeDock预测的完全一致，参见PDB code 4PCE及4PCI。

最后，再重申一下，本文的目的旨在提供一个小而具有一定代表性的测试集，方便网友测试自己在用的分子对接软件，并把结果与大家共享，虽然测试集小，但是这样的比较是apple-to-apple，有比较意义。另外，也方便初接触分子对接的同学在测试中更好地理解分子对接中参数的设置以及蛋白处理的一些问题，甚而包括对接时结晶水的处理。

比较的目的在于对各种软件有个初步全面的了解，至少选择什么软件，如文中所说，个人喜好，野百合也有春天！不同的学术观点是欢迎的，但要摆事实、讲道理。谢谢。

chengwyx

请教楼主，RMSD使用哪个软件呀，最近想做一下这方面的，推荐几款免费软件吧。

fireflying

chengwyx 发表于 2014-9-20 22:09
请教楼主，RMSD使用哪个软件呀，最近想做一下这方面的，推荐几款免费软件吧。 ...

计算分子对接RMSD的Python脚本可以从http://lephar.com下载

该脚本首先通过结构匹配，在模板分子（即晶体结构中的小分子）与进行对接的分子（原子序号及名称可以与晶体结构中的不同）之间建立原子的映射关系，在有对称性原子的情况下，产生各种可能的映射关系。然后，对生成的对接构象针对每一种可能的映射关系计算RMSD值，取最小值。

已知Bug：-NO2（硝基）以及-COO2（羧基）的氧原子的对称性没有考虑，因为这两个氧原子在Mol文件中的定义是不同的，虽然本质上没有区别。

脚本中包括了使用说明。有问题请留言

浪模拟

fireflying 发表于 2014-9-19 20:22
http://lephar.com点击Publications

上次只是看了文章，没仔细看网站，原来LeDock就是该网站上的。楼主好强大

fireflying

下图是具体的RMSD分析。从结果可以看出，打分最高的对接构象未必跟晶体结构中的构象最接近。综合而言，LeDock的RMSD值更小一些，特别是LeDock最接近构象有84%的RMSD小于1A。