gromacs 使用中遇到问题

开心果

大家好 我刚刚学习gromacs  还不知道怎样使用  我是按照教程一步一步做的已经做到了这一步genbox -cp fws.pdb -cs spc216.gro -fws.gro -p fws.top  但是由于上面有一步pdb2更明显-ignh -f 1OMB.pdb -o fws.pdb -p fws.top 已经有了-p fws.top  那我genbox 这一步还是要-p fws.top吗 还是要重新给它改以名字    我是按照教程来的 所以输入的还是-p fws.top 但是得到的结果是这样的\1OMB.pdb  box.gro  fws.gro  posre.itp  sol.gro  topol.top  #topol.top.1#出现了一个  #topol.top.1#，因为我如果继续下一步就是
grompp -f em.mdp -c fws_b4em.pdb -p fws.top -o fws_em.tpr了 这里也要输入 -p fws.top 所以我上一步出现的 #topol.top.1#会对我以下所进行的一步有影响    由于初次使用gromacs 真的是不太懂  希望了解的人 谅解并为我这个菜鸟指导一下方向
实在是弄不懂了 着实非常感谢能给予我帮助的大虾们！

海洋

没有影响的~~#topol.top.1#只是被覆盖的文件，建议名字就用topol.top，不知道你的GMX是什么版本的，为什么top文件名称都是按照默认的格式topol.top呢？

枫叶苏

你如果从一开始就是fws.top,后面的你都要用这个名字，这样就可以正确的覆盖上面的top。

开心果

枫叶苏 发表于 2013-12-23 12:08

                               
登录/注册后可看大图

你如果从一开始就是fws.top,后面的你都要用这个名字，这样就可以正确的覆盖上面的top。 ...

嗯   谢谢帮助