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[AMBER] 含金属配位键的结合能计算

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发表于 2013-12-16 11:14:48 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我用来做动力学模拟的蛋白有一个Fe3+,它与配体小分子之间形成配位键。现在我要用MMPBSA计算小分子与蛋白的结合能,我想问问论坛里有没有人有这方面的经验,结合能的数值大概是多少?我算出来是-40 kcal/mol左右。我做过其它小分子的对接,没有配位键只通过氢键和其它非键相互作用,比较不错的大概在-10 kcal/mol吧,所以这个-40我有些拿不准。
发表于 2013-12-16 13:28:34 | 显示全部楼层
-40kcal/mol,这个数值倒是正常的..但是金属配位键的计算你是通过什么计算的呢?
 楼主| 发表于 2013-12-16 14:17:05 | 显示全部楼层
本帖最后由 墨竹晓风 于 2013-12-17 11:27 编辑

参考了一篇文献,那篇文章在金属离子Zn2+周围加了四个dummy原子,这四个dummy原子各带0.5电荷,分担了Zn离子的电荷,把配位键转化成静电相互作用处理

哦,这样处理也有一定道理. 文章的IF怎么样?
发表于 2013-12-16 21:19:31 | 显示全部楼层
呵呵Sun 发表于 2013-12-16 14:17
参考了一篇文献,那篇文章在金属离子Zn2+周围加了四个dummy原子,这四个dummy原子各带0.5电荷,分担了Zn ...

能把 文献发给我看看吗?谢谢。
 楼主| 发表于 2013-12-17 10:54:50 | 显示全部楼层
不经意间的呐喊 发表于 2013-12-16 21:19
能把 文献发给我看看吗?谢谢。

给我留个邮箱?发给你
发表于 2013-12-17 15:02:25 | 显示全部楼层
呵呵Sun 发表于 2013-12-17 10:54
给我留个邮箱?发给你

可以站内短信哈:)
 楼主| 发表于 2013-12-17 18:17:55 | 显示全部楼层
不经意间的呐喊 发表于 2013-12-16 21:19
能把 文献发给我看看吗?谢谢。



10.1007_s008940050119.pdf(105.01KB)
试试能下载不
 楼主| 发表于 2013-12-17 18:18:45 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2013-12-17 15:02
可以站内短信哈:)

智商捉急没找到,不过问题不大
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