对接中金属离子的影响？

川大-灰太狼

不经意间的呐喊 发表于 2013-12-10 09:17

                               
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最新的文献中并没有考虑金属离子。我以前用的PDB有金属离子，现在老板让我去做下分析，看金属离子对PDB的 ...

你老板是让你用什么办法去分析？实验还是计算？

不经意间的呐喊

川大-灰太狼 发表于 2013-12-10 20:25

                               
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你老板是让你用什么办法去分析？实验还是计算？

是计算去分析。这个金属离子的影响，是否必要存在。。。。

不经意间的呐喊

川大-灰太狼 发表于 2013-12-10 20:25

                               
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你老板是让你用什么办法去分析？实验还是计算？

我们老板以前不是做模拟的。是搞合成的

川大-灰太狼

不经意间的呐喊 发表于 2013-12-10 20:47

                               
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是计算去分析。这个金属离子的影响，是否必要存在。。。。

那你得用分子动力学来研究了，比较在较长时间的md过程中有金属离子的蛋白和没有金属离子的蛋白小分子与蛋白的相互作用是否有改变。

墨竹晓风

金属离子对PDB的影响是一定有的。关键是看重要程度。基本上大家都是能绕过就绕过。绕不过就硬上了。。

不经意间的呐喊

墨竹晓风 发表于 2013-12-12 23:07

                               
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金属离子对PDB的影响是一定有的。关键是看重要程度。基本上大家都是能绕过就绕过。绕不过就硬上了。。 ...

我把大致的情况已经向狼哥咨询了。pdb中的金属离子促进此蛋白的装配，聚合。和配体形成了配位键，但我对比了一下有无此金属离子的对接，能量影响并不大，此金属离子也是在做晶体解析的时候加入的。我想问的是，怎么样看他重要与否？