对接中金属离子的影响？

不经意间的呐喊

在我对接的分子靶点PDB（08年报道解析）中含有金属离子Ca在活性位点，文献报道金属离子和配体形成配位作用。此金属离子CaCl2是在晶体解析中加入缓冲溶液中的。12年又有人对此靶点再次解析得到晶体的时候，PDB中不含有此金属离子，（由于晶体解析时候没有加CaCl2）。我想请教一下，我在对接的时候是应该选带有金属离子还是不带有的？这2个PDB结合的配体都是一样的。

不经意间的呐喊

难道是我表达的不够明白。。

川大-灰太狼

关键看你对接的目的是什么？以及这个蛋白的功能是什么。

不经意间的呐喊

川大-灰太狼 发表于 2013-12-7 11:09

                               
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关键看你对接的目的是什么？以及这个蛋白的功能是什么。

我对接首选是验证文献，然后用这个PDB进行虚拟筛选，抗菌小分子。因为觉得对接和动力学做起来有金属离子不方便。这个蛋白的功能是抗菌的靶点。我的疑问在于：这个金属离子在同一个蛋白，不同的PDB存在与否，和我选择哪一个用来对接，之间的关系如何？

不经意间的呐喊

川大-灰太狼 发表于 2013-12-7 11:09

                               
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关键看你对接的目的是什么？以及这个蛋白的功能是什么。

或者提供一下对同一细菌同一个靶点，数据库中那么多不同的PDB，选择是怎么样的？依据应该是？分辨率在2a的随便选一个都行吗

川大-灰太狼

不经意间的呐喊 发表于 2013-12-7 17:30

                               
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我对接首选是验证文献，然后用这个PDB进行虚拟筛选，抗菌小分子。因为觉得对接和动力学做起来有金属离子 ...

这个金属是否是这个蛋白的催化活性中心的必须金属离子？如果不是，说明这个金属离子对于蛋白的活性没有影响，而只是为了结晶而加入的。那么就可以不考虑它。

BTW, YASARA的MD可以处理金属蛋白非常简单，自动识别金属力场，无需手动设置。

川大-灰太狼

不经意间的呐喊 发表于 2013-12-7 17:31

                               
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或者提供一下对同一细菌同一个靶点，数据库中那么多不同的PDB，选择是怎么样的？依据应该是？分辨率在2a ...

这个问题，我记得以前讨论过，构效兄也在群里说过。
1、选择高分辨率的。
2、选择还有配体的蛋白。
3、这个配体是否与你要研究的配体类似。
当然，你如果是做虚拟筛选，你就收集下活性分子的活性数据，然后把所有的结构用来对这些活性分子进行对接，看哪个蛋白在什么参数的情况下，可以正确的把活性分子排序。或者是哪个蛋白什么参数的情况下，能区分活性分子和非活性分子。

不经意间的呐喊

川大-灰太狼 发表于 2013-12-7 22:52

                               
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这个金属是否是这个蛋白的催化活性中心的必须金属离子？如果不是，说明这个金属离子对于蛋白的活性没有影 ...

谢谢狼哥。这个金属离子对这个蛋白的装配有促进作用，也和小配体形成了配位键。是不是我在对接的时候就要带着这个金属离子呢？最新解析出的高分辨Pdb含有同样的配体，同样的结合模式但不含有金属离子，我是不是可以选择这个PDB呢？

川大-灰太狼

不经意间的呐喊 发表于 2013-12-9 09:43

                               
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谢谢狼哥。这个金属离子对这个蛋白的装配有促进作用，也和小配体形成了配位键。是不是我在对接的时候就要 ...

那最新解析的文章里面谈到了金属离子的作用了吗？从你说的来看，说明这个金属离子完全是可有可无，因此完全不用考虑它。

不经意间的呐喊

川大-灰太狼 发表于 2013-12-9 21:17

                               
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那最新解析的文章里面谈到了金属离子的作用了吗？从你说的来看，说明这个金属离子完全是可有可无，因此完 ...

最新的文献中并没有考虑金属离子。我以前用的PDB有金属离子，现在老板让我去做下分析，看金属离子对PDB的影响，是否必要？我应该怎么做呢。麻烦狼哥指点。