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[Pymol] PyMol作图疑惑

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发表于 2013-11-30 11:41:24 | 显示全部楼层 |阅读模式

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ADT对接结果PDBQT文件由Viewer Lite转化为pdb,后用pymol作图有疑惑
操作过程如下:
all>H>everying
1First>S>cartoon,C>by ss>Helix sheet loop
右下角S,找到配体MOL,rename selection>a1>S>stick>sphere
cmd:
set stick_radius,0.15
set sphere_scale,0.2
这时发现MOL有两原子没有连接,ctrl+T手动连接
a1>find>polar contacts>to other atoms in object
1First>S>lines,找到黄色键相连的残基,并show sticks,
all>H>lines,结果如下图
safg.png

发现亮点疑惑:
1、为何我找的氢键都是在硝基的O和残基氨基的N之间,难道我形成的这个不是氢键,而是别的极性作用键?
2、为何我没有主动加氢但是残基的氨基氮都加氢了,而别的原子没有加氢?氨基上的氢怎么手动去掉?

希望哪位大侠答疑解惑,不胜感激,溢于言表

发表于 2013-11-30 12:30:22 | 显示全部楼层
楼主求 viewer lite。。。forpal@aliyun.com
 楼主| 发表于 2013-11-30 12:48:29 | 显示全部楼层
已发送至你邮箱,注意查收
发表于 2013-11-30 16:21:04 | 显示全部楼层
发表于 2013-12-1 12:36:13 | 显示全部楼层
可以把你的pdb结构发上来,我帮你看看:)
 楼主| 发表于 2013-12-2 17:45:00 | 显示全部楼层
谢谢狼哥,学习你的热血心肠
发表于 2013-12-2 21:38:27 | 显示全部楼层
一方面有可能是你的软件问题。还有一方面,你其实不用这么麻烦的操作!
最简单的显示氢键的方法:

1、在导入的pdb右边A里面如下图选择。
pymol01.png
2、再如下图选择,就显示了配体和蛋白的相互作用了。
pymol001.png
发表于 2013-12-3 14:28:01 | 显示全部楼层
你是vista系统吗?
 楼主| 发表于 2013-12-3 14:33:14 | 显示全部楼层
不是,win7的,pymol可能也有点问题
 楼主| 发表于 2013-12-3 15:10:03 | 显示全部楼层
狼哥,我用pymol1.6解决了图中氢键在氮和氧之间形成的问题,
但是没有解决一个氧形成两三个氢键的问题,盼狼哥继续答疑解惑

N`K_P}}XZ%V)3N6C0$P[0CW.jpg


附:python2.7(感谢火鸟色拉油提供)和pymol1.6下载地址
http://emuch.net/html/201310/6434316.html
http://www.python.org/getit/


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