PyMol作图疑惑

pdh1015 · 发表于 2013-11-30 11:41:24

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ADT对接结果PDBQT文件由Viewer Lite转化为pdb，后用pymol作图有疑惑
操作过程如下：
all>H>everying
1First>S>cartoon,C>by ss>Helix sheet loop
右下角S，找到配体MOL，rename selection>a1>S>stick>sphere
cmd:
set stick_radius,0.15
set sphere_scale,0.2
这时发现MOL有两原子没有连接，ctrl+T手动连接
a1>find>polar contacts>to other atoms in object
1First>S>lines,找到黄色键相连的残基，并show sticks，
all>H>lines,结果如下图

发现亮点疑惑：
1、为何我找的氢键都是在硝基的O和残基氨基的N之间，难道我形成的这个不是氢键，而是别的极性作用键？
2、为何我没有主动加氢但是残基的氨基氮都加氢了，而别的原子没有加氢？氨基上的氢怎么手动去掉？

希望哪位大侠答疑解惑，不胜感激，溢于言表

forpal · 发表于 2013-11-30 12:30:22

楼主求 viewer lite。。。forpal@aliyun.com

pdh1015 · 发表于 2013-11-30 12:48:29

已发送至你邮箱，注意查收

forpal · 发表于 2013-11-30 16:21:04

pdh1015 发表于 2013-11-30 12:48

登录/注册后可看大图

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谢谢楼主！

川大-灰太狼 · 发表于 2013-12-1 12:36:13

可以把你的pdb结构发上来，我帮你看看：）

pdh1015 · 发表于 2013-12-2 17:45:00

谢谢狼哥，学习你的热血心肠

川大-灰太狼 · 发表于 2013-12-2 21:38:27

一方面有可能是你的软件问题。还有一方面，你其实不用这么麻烦的操作！
最简单的显示氢键的方法：

1、在导入的pdb右边A里面如下图选择。

2、再如下图选择，就显示了配体和蛋白的相互作用了。

kaliduomu · 发表于 2013-12-3 14:28:01

你是vista系统吗？

pdh1015 · 发表于 2013-12-3 14:33:14

不是，win7的，pymol可能也有点问题

pdh1015 · 发表于 2013-12-3 15:10:03

狼哥，我用pymol1.6解决了图中氢键在氮和氧之间形成的问题，
但是没有解决一个氧形成两三个氢键的问题，盼狼哥继续答疑解惑

N`K_P}}XZ%V)3N6C0$P[0CW.jpg

附：python2.7（感谢火鸟色拉油提供）和pymol1.6下载地址
http://emuch.net/html/201310/6434316.html
http://www.python.org/getit/

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