关于chimera来进行分子对接

clarelee

以下步骤是参考了网上的教程，不过我不太明白，所以希望各位前辈能解惑！！
1.ligand准备：打开从蛋白质数据库下载的pdb文件，如1ABE.pdb.

Select —structure—ligand 选中受体。

Select —invert(selected models) 反选除受体以外的物质。

Action—atoms/bonds-- delete 只剩下配体。

（到这一步之后直接保存为pdb格式吗？不需要加氢，加电荷吗？）

2. receptor 准备：打开 1ABE.pdb文件。

Select-- structure –ligand

actions – atoms/bonds—delete

以同样的方式去水。(不是说对接要在水溶液中吗，为啥还要去水）

tools—structure editing—dock prep 加氢加电荷，保存为mol2格式。（用vina对接，只能用pdb格式吗？那这个mol2是干嘛用的）

删除受体中的所有的氢，并将重原子保存为pdb格式。

3.对接

tools--surface/binding analysis--autodock vina 然后设置输出文件，选择配体受体，选择ctrl button1
然后按住ctrl，画盒子。

墨竹晓风

1.（到这一步之后直接保存为pdb格式吗？不需要加氢，加电荷吗？）
这一步只是拆分蛋白质受体和小分子配体,并没有开始做准备
2.(不是说对接要在水溶液中吗，为啥还要去水）
绝大多数对接软件不能考虑水分子的，常规DOCK对接也不考虑水分子
（用vina对接，只能用pdb格式吗？那这个mol2是干嘛用的）
pdb,mol2都可以.软件能支持mol2格式的话，尽量用mol2

xufund

这么简化了？请问这样对接结果准确性如何？还有就是chimera 能调用vina 吗

clarelee

墨竹晓风 发表于 2013-11-24 10:42

                               
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1.（到这一步之后直接保存为pdb格式吗？不需要加氢，加电荷吗？）
这一步只是拆分蛋白质受体和小分子配体, ...

前辈，配体和受体对接之前各自都需要加氢加电荷吗？加的原因是什么？

clarelee

xufund 发表于 2013-11-24 17:40

                               
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这么简化了？请问这样对接结果准确性如何？还有就是chimera 能调用vina 吗

准确性我不清楚，能调用vina

墨竹晓风

clarelee 发表于 2013-11-25 09:08

                               
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前辈，配体和受体对接之前各自都需要加氢加电荷吗？加的原因是什么？

哦，看了下，你还是准备用autodock 或者 vina，那么还是不要用chimera来准备加H加电荷。会有原子不识别等等奇怪问题。建议还是用ADT来准备。

xufund

墨竹晓风 发表于 2013-11-25 10:52

                               
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哦，看了下，你还是准备用autodock 或者 vina，那么还是不要用chimera来准备加H加电荷。会有原子不识别等 ...

用ADT准备的话，能给大家写过类似楼上的简单教程吗？

墨竹晓风

xufund 发表于 2013-11-25 22:18

                               
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用ADT准备的话，能给大家写过类似楼上的简单教程吗？

网上很多，但是没有如此简单的过程。我一般用DOCK

xufund

我也想学dock。希望晓风兄介绍点经验，或者给个简单的教程。多谢