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[提问] 请教各位大虾分子模拟平衡过程中遇到的一个问题

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发表于 2013-11-20 13:05:14 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 double 于 2013-11-20 17:22 编辑

我在进行最小化和平衡的时,程序总是错误终止,显示的错误是
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 150!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Exiting prematurely; see error messages above.
我看了一下dcd文件,是因为atom 150氮原子上的氢原子发生了位置偏离,看上去明显不对,就是在发生偏离时程序马上就中断了。但是又不知道是因为什么原因导致的位置偏离。这是我的configure文件:
#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                         ##
#############################################################

# Minimization and Equilibration of ROX
# Ubiquitin in a Water Box


#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
#############################################################

structure          w_solvate.psf   
coordinates        w_solvate.pdb
  
# output params

outputname         rox_min1
restartname       rox_min_1

binaryoutput       no
binaryrestart      yes

set temperature    300     

firsttimestep      0  


###################################
# Force field
###################################
# Input
paratypecharmm      on
parameters          par_all27_prot_lipid.prm
parameters          w_acd_parm.inp
temperature         $temperature

exclude             scaled1-4   
1-4scaling          1.0   

###################################
# Cut-offs
###################################
switching            on      
switchdist           10.0   
cutoff               12.0   
pairlistdist         14.0   

####################################
# PME
###################################

PME                  yes         
                                   
PMEGridSpacing      1.0
#PMEgridsizeX         90
#PMEgridsizeY         90
#PMEgridsizeZ         90


#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################

# Integrator Parameters
timestep            1.0  
rigidBonds          all  
nonbondedFreq       1   
fullElectFrequency  2   
stepspercycle       20  


# Constant Temperature Control
langevin            on   
langevinDamping     1     ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off   


# Periodic Boundary Conditions   
cellBasisVector1    50.195    0.000   0.000
cellBasisVector2     0.000   89.983   0.000
cellBasisVector3     0.0      0      49.934
cellOrigin          -0.015514056 5.064777851 0.016378706

margin      3

wrapAll             on  

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes
useFlexibleCell       no  
useConstantArea       no

langevinPiston        on  
langevinPistonTarget  1.01325
langevinPistonPeriod  400.0
langevinPistonDecay   200.0  
langevinPistonTemp    $temperature

# Restrained atoms for initial heating-up steps
#
#constraints         ON
#consexp             2
#consref             w_solvate1_pre.pdb
#conskfile           w_solvate1_pre.pdb
#conskcol            B

# OUTPUT FREQUENCIES

outputtiming        1000
restartfreq         1000   
dcdfreq             1000     
xstFreq             1000

outputEnergies      1000   
outputPressure      1000   

#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################


#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################

# Minimization
minimize            20000  
reinitvels          $temperature  

run 1000000 ;# 2ns  

我把timestep改成1或2都没用,我把constraints加上或者不使用也没用,每次都是minimaze跑完之后跑平衡时到中间某一步就挂了。而且出现的错误都是上面写的错误。
请问各位大虾我这到底是怎么回事啊,谢谢各位了!

下面图中间的蓝色原子为氮原子(左边连碳,右边连苯环),也就是atom150。
2图为起始文件,跑完minimize跑平衡之后N原子上的氢就变成3图中的样子了。

2.jpg
3.jpg
发表于 2014-12-1 09:38:03 | 显示全部楼层
double 发表于 2013-11-25 11:25
谢谢各位大侠的帮助,问题已经解决了,是参数中二面角的问题。我把二面角全部都确认了一边,把没有的补上, ...

你好,我也遇到了这个问题,但是我没看明白你的解决方法,在那修改二面角,pdb文件里吗?
发表于 2013-11-20 16:42:06 | 显示全部楼层

回帖奖励 +5

你把你错误的原子那块截图,让大家看看。怎么个不对。
发表于 2013-11-20 16:43:41 | 显示全部楼层
应该还是输入文件的结构问题,检查下那个N和H的成键是否正常。
发表于 2013-11-20 16:46:57 | 显示全部楼层

这个错误输入文件肯定是有问题的,我以前遇到过配体这样的情况。
 楼主| 发表于 2013-11-20 17:00:55 | 显示全部楼层
枫叶苏 发表于 2013-11-20 16:46
这个错误输入文件肯定是有问题的,我以前遇到过配体这样的情况。

如果是输入文件结构的问题,能跑完minimize吗?我的minimize每次都是能跑完的,就是跑平衡的时候挂了。
发表于 2013-11-20 17:52:43 | 显示全部楼层
力场错误~~,明显的
发表于 2013-11-20 18:41:12 | 显示全部楼层
配体是什么分子,带电吗
发表于 2013-11-20 18:45:20 | 显示全部楼层
leos 发表于 2013-11-20 17:52
力场错误~~,明显的

leos哥,你咋看出来滴,怎么就明显了呢
发表于 2013-11-20 20:33:39 | 显示全部楼层
qian430 发表于 2013-11-20 18:45
leos哥,你咋看出来滴,怎么就明显了呢

分子都畸形了啊~~
 楼主| 发表于 2013-11-21 15:02:23 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2013-11-20 18:41
配体是什么分子,带电吗

这个分子本身带点,我已经在里面加了几个带相反电荷的离子来使体系带电中性。
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