请教各位大虾分子模拟平衡过程中遇到的一个问题

double

我在进行最小化和平衡的时，程序总是错误终止，显示的错误是
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 150!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Exiting prematurely; see error messages above.
我看了一下dcd文件，是因为atom 150氮原子上的氢原子发生了位置偏离，看上去明显不对，就是在发生偏离时程序马上就中断了。但是又不知道是因为什么原因导致的位置偏离。这是我的configure文件：
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## JOB DESCRIPTION                                         ##
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# Minimization and Equilibration of ROX
# Ubiquitin in a Water Box


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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
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structure          w_solvate.psf   
coordinates        w_solvate.pdb
  
# output params

outputname         rox_min1
restartname       rox_min_1

binaryoutput       no
binaryrestart      yes

set temperature    300     

firsttimestep      0  


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# Force field
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# Input
paratypecharmm      on
parameters          par_all27_prot_lipid.prm
parameters          w_acd_parm.inp
temperature         $temperature

exclude             scaled1-4   
1-4scaling          1.0   

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# Cut-offs
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switching            on      
switchdist           10.0   
cutoff               12.0   
pairlistdist         14.0   

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# PME
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PME                  yes         
                                   
PMEGridSpacing      1.0
#PMEgridsizeX         90
#PMEgridsizeY         90
#PMEgridsizeZ         90


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## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
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# Integrator Parameters
timestep            1.0  
rigidBonds          all  
nonbondedFreq       1   
fullElectFrequency  2   
stepspercycle       20  


# Constant Temperature Control
langevin            on   
langevinDamping     1     ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off   


# Periodic Boundary Conditions   
cellBasisVector1    50.195    0.000   0.000
cellBasisVector2     0.000   89.983   0.000
cellBasisVector3     0.0      0      49.934
cellOrigin          -0.015514056 5.064777851 0.016378706

margin      3

wrapAll             on  

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes
useFlexibleCell       no  
useConstantArea       no

langevinPiston        on  
langevinPistonTarget  1.01325
langevinPistonPeriod  400.0
langevinPistonDecay   200.0  
langevinPistonTemp    $temperature

# Restrained atoms for initial heating-up steps
#
#constraints         ON
#consexp             2
#consref             w_solvate1_pre.pdb
#conskfile           w_solvate1_pre.pdb
#conskcol            B

# OUTPUT FREQUENCIES

outputtiming        1000
restartfreq         1000   
dcdfreq             1000     
xstFreq             1000

outputEnergies      1000   
outputPressure      1000   

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## EXTRA PARAMETERS                                        ##
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## EXECUTION SCRIPT                                        ##
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# Minimization
minimize            20000  
reinitvels          $temperature  

run 1000000 ;# 2ns  

我把timestep改成1或2都没用，我把constraints加上或者不使用也没用，每次都是minimaze跑完之后跑平衡时到中间某一步就挂了。而且出现的错误都是上面写的错误。
请问各位大虾我这到底是怎么回事啊，谢谢各位了！

下面图中间的蓝色原子为氮原子（左边连碳，右边连苯环），也就是atom150。
2图为起始文件，跑完minimize跑平衡之后N原子上的氢就变成3图中的样子了。

南华-ET

double 发表于 2013-11-25 11:25
谢谢各位大侠的帮助，问题已经解决了，是参数中二面角的问题。我把二面角全部都确认了一边，把没有的补上， ...

你好，我也遇到了这个问题，但是我没看明白你的解决方法，在那修改二面角，pdb文件里吗？

枫叶苏

你把你错误的原子那块截图，让大家看看。怎么个不对。

墨竹晓风

应该还是输入文件的结构问题，检查下那个N和H的成键是否正常。

枫叶苏

墨竹晓风 发表于 2013-11-20 16:43

                               
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应该还是输入文件的结构问题，检查下那个N和H的成键是否正常。

这个错误输入文件肯定是有问题的，我以前遇到过配体这样的情况。

double

枫叶苏 发表于 2013-11-20 16:46

                               
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这个错误输入文件肯定是有问题的，我以前遇到过配体这样的情况。

如果是输入文件结构的问题，能跑完minimize吗？我的minimize每次都是能跑完的，就是跑平衡的时候挂了。

leos

力场错误~~，明显的

墨竹晓风

配体是什么分子,带电吗

leos

qian430 发表于 2013-11-20 18:45

                               
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leos哥，你咋看出来滴，怎么就明显了呢

分子都畸形了啊~~

double

墨竹晓风 发表于 2013-11-20 18:41

                               
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配体是什么分子,带电吗

这个分子本身带点，我已经在里面加了几个带相反电荷的离子来使体系带电中性。

double

leos 发表于 2013-11-20 17:52

                               
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力场错误~~，明显的

leos大哥，我是分子模拟的菜鸟加新手，麻烦问一下如果是力场错误在哪里能看出错误来并纠正呢？