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[Discovery Studio] ROC曲线的绘制

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发表于 2013-11-18 22:09:18 | 显示全部楼层 |阅读模式

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有人做过药效团吗?其中对药效团要进行一个decoy的验证,根据结果绘制ROC曲线,有大神会画ROC曲线吗,
我纳闷的是不是只有一个灵敏度和特异度吗,怎么画啊?
发表于 2013-11-19 08:49:26 | 显示全部楼层
用spss
 楼主| 发表于 2013-11-19 11:05:58 | 显示全部楼层
发表于 2013-11-19 12:20:45 | 显示全部楼层
我记得好像是 把活性的设置为1  非活性的设置为0   之类的  
 楼主| 发表于 2013-11-19 15:33:05 | 显示全部楼层
北京-构效 发表于 2013-11-19 12:20
我记得好像是 把活性的设置为1  非活性的设置为0   之类的

恩,貌似是这样的,但是具体不知道该怎么做,就是表格里怎么输数据?不过还是很感谢你
发表于 2013-11-19 22:00:41 | 显示全部楼层
ligand标记为1,decoy标记为0,保存为csv文件。

1.通过SPSS打开csv文件,打开过程会需要点击“下一步”,前3次都是直接点击,第四次需要将“space”前的勾号点掉再点击“下一步”,直到“完成”。

2.打开的表格中有两个sheet:Data View(数据视图), Variable View(变量视图).在Variable View中可以修改希望显示出的名称,如将V2改为Glidescore。

3.点击表头中的图表选择ROC曲线(分析>ROC曲线图)。将Glidescore导入检验变量,将标记1,0的列如V3导入状态变量。在下面的状态变量的值中写入1。在显示框中将ROC曲线的坐标轴点勾选上。点击右下角的选项,选择检验方向,Glidescore是负值越大越好,所以选较小的检验结果。点击右上方的继续,再点击右上方的确定。

4.可以看到ROC曲线,曲线下面积和曲线上每个点的坐标值。计算ROCE0.5%时找到列表中1-specificity下0.005,用左边对应的是sensitivity值来除以0.005得到的值就是ROCE0.5%。依次类推得到ROCE1%,ROCE2%,ROCE5%。
 楼主| 发表于 2013-11-20 08:55:48 | 显示全部楼层
水晶紫 发表于 2013-11-19 22:00
ligand标记为1,decoy标记为0,保存为csv文件。

1.通过SPSS打开csv文件,打开过程会需要点击“下一步”, ...

感谢啊,太谢谢了,你说的ligand为1,decoy为0,就是decoy中的活性分子标记为1,非活性分子标记为0吗?
但是decoy验证有一定量的假阳性,也是标记为0吗?还有就是在哪标记啊,csv文件在哪保存啊?
发表于 2013-11-20 09:12:24 | 显示全部楼层
魂归绝情剑 发表于 2013-11-20 08:55
感谢啊,太谢谢了,你说的ligand为1,decoy为0,就是decoy中的活性分子标记为1,非活性分子标记为0吗?
...

我没有做过药效团,但是decoy的目的不是测试该模型对活性化合物的筛选能力吗?那个csv文件说白了就是两列数据,一列是label(即1和0,也就是active和decoy),另一列就是打分值。我没做过药效团所以不太清楚具体操作,但是做glide的时候是可以直接导出table里面的csv文件的。
 楼主| 发表于 2013-11-20 12:41:08 | 显示全部楼层
水晶紫 发表于 2013-11-20 09:12
我没有做过药效团,但是decoy的目的不是测试该模型对活性化合物的筛选能力吗?那个csv文件说白了就是两列 ...

好吧,那我就更清楚的请教一下,我构建了一个decoy数据库,含30个活性化合物和2040个非活性化合物,我用模型去筛了,找到了27个活性化合物和25个非活性化合物,对于这个结果你能具体说说该怎么设0和1吗?是把27个设为1还是什么情况?谢谢!
发表于 2013-11-20 14:35:48 | 显示全部楼层
魂归绝情剑 发表于 2013-11-20 12:41
好吧,那我就更清楚的请教一下,我构建了一个decoy数据库,含30个活性化合物和2040个非活性化合物,我用 ...

所谓decoy的意思不是和活性化合物结构类似,但是没有活性的吗?的活性化合物是1,decoy是0.
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