ROC曲线的绘制

魂归绝情剑

有人做过药效团吗？其中对药效团要进行一个decoy的验证，根据结果绘制ROC曲线，有大神会画ROC曲线吗，
我纳闷的是不是只有一个灵敏度和特异度吗，怎么画啊？

北京-构效

用spss

魂归绝情剑

北京-构效 发表于 2013-11-19 08:49

                               
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用spss

恩，我知道，我纳闷的是只有一个特异度和灵敏度，怎么画个曲线呢

北京-构效

我记得好像是 把活性的设置为1  非活性的设置为0   之类的  

魂归绝情剑

北京-构效 发表于 2013-11-19 12:20

                               
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我记得好像是 把活性的设置为1  非活性的设置为0   之类的

恩，貌似是这样的，但是具体不知道该怎么做，就是表格里怎么输数据？不过还是很感谢你

水晶紫

ligand标记为1，decoy标记为0，保存为csv文件。

1.通过SPSS打开csv文件，打开过程会需要点击“下一步”，前3次都是直接点击，第四次需要将“space”前的勾号点掉再点击“下一步”，直到“完成”。

2.打开的表格中有两个sheet：Data View（数据视图）, Variable View（变量视图）.在Variable View中可以修改希望显示出的名称，如将V2改为Glidescore。

3.点击表头中的图表选择ROC曲线（分析>ROC曲线图）。将Glidescore导入检验变量，将标记1，0的列如V3导入状态变量。在下面的状态变量的值中写入1。在显示框中将ROC曲线的坐标轴点勾选上。点击右下角的选项，选择检验方向，Glidescore是负值越大越好，所以选较小的检验结果。点击右上方的继续，再点击右上方的确定。

4.可以看到ROC曲线，曲线下面积和曲线上每个点的坐标值。计算ROCE0.5%时找到列表中1-specificity下0.005，用左边对应的是sensitivity值来除以0.005得到的值就是ROCE0.5%。依次类推得到ROCE1%，ROCE2%，ROCE5%。

魂归绝情剑

水晶紫 发表于 2013-11-19 22:00

                               
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ligand标记为1，decoy标记为0，保存为csv文件。

1.通过SPSS打开csv文件，打开过程会需要点击“下一步”， ...

感谢啊，太谢谢了，你说的ligand为1，decoy为0，就是decoy中的活性分子标记为1，非活性分子标记为0吗？
但是decoy验证有一定量的假阳性，也是标记为0吗？还有就是在哪标记啊，csv文件在哪保存啊？

水晶紫

魂归绝情剑 发表于 2013-11-20 08:55

                               
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感谢啊，太谢谢了，你说的ligand为1，decoy为0，就是decoy中的活性分子标记为1，非活性分子标记为0吗？
...

我没有做过药效团，但是decoy的目的不是测试该模型对活性化合物的筛选能力吗？那个csv文件说白了就是两列数据，一列是label（即1和0，也就是active和decoy），另一列就是打分值。我没做过药效团所以不太清楚具体操作，但是做glide的时候是可以直接导出table里面的csv文件的。

魂归绝情剑

水晶紫 发表于 2013-11-20 09:12

                               
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我没有做过药效团，但是decoy的目的不是测试该模型对活性化合物的筛选能力吗？那个csv文件说白了就是两列 ...

好吧，那我就更清楚的请教一下，我构建了一个decoy数据库，含30个活性化合物和2040个非活性化合物，我用模型去筛了，找到了27个活性化合物和25个非活性化合物，对于这个结果你能具体说说该怎么设0和1吗？是把27个设为1还是什么情况？谢谢！

水晶紫

魂归绝情剑 发表于 2013-11-20 12:41

                               
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好吧，那我就更清楚的请教一下，我构建了一个decoy数据库，含30个活性化合物和2040个非活性化合物，我用 ...

所谓decoy的意思不是和活性化合物结构类似，但是没有活性的吗？的活性化合物是1，decoy是0.