关于gromacs应用mmpbsa计算自由能方法。

天理-小新 · 发表于 2013-11-15 20:36:15

gromacs相对于amber具有计算速度快、分析方便、灵活、范围广等优点，但是其本身没有自带应用mmpbsa方法计算自由能的方法。目前看到文献做法有将gromacs的轨迹和top文件转换成amber相对应的文件，用amber来实现。现在我将Marc Baaden的脚本上传到这，希望对大家有用，或者能对脚本进一步改进。

如果发表文章，Marc Baaden 此人要求共同作者，我在此注明。
Marc Baaden 邮箱：baaden@smplinux.de

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xpyp · 发表于 2013-11-15 23:37:06

请问，使用说明，有没有？

天理-小新 · 发表于 2013-11-16 00:14:55

这个包里面有详细的说明和案例，请看清楚，谢谢！

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-11-17 00:07:08

天理-小新发表于 2013-11-16 00:14

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这个包里面有详细的说明和案例，请看清楚，谢谢！

谢谢小新！下下来研究一下！

墨竹晓风 · 发表于 2013-11-18 14:51:00

非常好,谢谢

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-11-18 14:53:50

墨竹晓风发表于 2013-11-18 14:51

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非常好,谢谢

我开始在想能不能做能量的残基拆解，发现这个脚本貌似也是做不了的~哈哈

枫叶苏 · 发表于 2013-11-27 15:47:14

大工-阿里巴巴发表于 2013-11-18 14:53

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我开始在想能不能做能量的残基拆解，发现这个脚本貌似也是做不了的~哈哈 ...

让我不明白的是，我看到别人文章明明是gromacs跑得MD，最后还是可以通过MMPBSA算自由能和能量拆解。而我对此很茫然。

zhuxiao · 发表于 2016-6-11 15:50:26

我能说我买了他，可是网页显示的是失效吗？

DemocRonnie · 发表于 2016-7-24 09:56:16

大工-阿里巴巴发表于 2013-11-18 14:53
我开始在想能不能做能量的残基拆解，发现这个脚本貌似也是做不了的~哈哈 ...

hi，管理员你好，如果我想自己给自己的非生物简单系统建立一个新的GMX输入文件（gro，itp），大概要怎么做呢。

wsgchem · 发表于 2016-10-20 16:05:20

怎么不能用

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天理-小新天理-小新当前离线积分 1006 窥视卡雷达卡	发表于 2013-11-15 20:36:15 \| 显示全部楼层 \|阅读模式 gromacs相对于amber具有计算速度快、分析方便、灵活、范围广等优点，但是其本身没有自带应用mmpbsa方法计算自由能的方法。目前看到文献做法有将gromacs的轨迹和top文件转换成amber相对应的文件，用amber来实现。现在我将Marc Baaden的脚本上传到这，希望对大家有用，或者能对脚本进一步改进。如果发表文章，Marc Baaden 此人要求共同作者，我在此注明。 Marc Baaden 邮箱：baaden@smplinux.de 购买主题已有 47 人购买本主题需向作者支付 5 金币才能浏览
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