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[Gromacs] 关于gromacs应用mmpbsa计算自由能方法。

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发表于 2013-11-15 20:36:15 | 显示全部楼层 |阅读模式
    gromacs相对于amber具有计算速度快、分析方便、灵活、范围广等优点,但是其本身没有自带应用mmpbsa方法计算自由能的方法。目前看到文献做法有将gromacs的轨迹和top文件转换成amber相对应的文件,用amber来实现 。现在我将Marc Baaden的脚本上传到这,希望对大家有用,或者能对脚本进一步改进。

如果发表文章,Marc Baaden 此人要求共同作者,我在此注明。
Marc Baaden 邮箱:baaden@smplinux.de

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发表于 2013-11-15 23:37:06 | 显示全部楼层
请问,使用说明,有没有?
 楼主| 发表于 2013-11-16 00:14:55 | 显示全部楼层
这个包里面有详细的说明和案例,请看清楚,谢谢!
发表于 2013-11-17 00:07:08 | 显示全部楼层
发表于 2013-11-18 14:51:00 | 显示全部楼层
非常好,谢谢
发表于 2013-11-18 14:53:50 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2013-11-18 14:51
非常好,谢谢

我开始在想能不能做能量的残基拆解,发现这个脚本貌似也是做不了的~哈哈
发表于 2013-11-27 15:47:14 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2013-11-18 14:53
我开始在想能不能做能量的残基拆解,发现这个脚本貌似也是做不了的~哈哈 ...

让我不明白的是,我看到别人文章明明是gromacs跑得MD,最后还是可以通过MMPBSA算自由能和能量拆解。而我对此很茫然。
发表于 2016-6-11 15:50:26 | 显示全部楼层
我能说我买了他,可是网页显示的是失效吗?
发表于 2016-7-24 09:56:16 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2013-11-18 14:53
我开始在想能不能做能量的残基拆解,发现这个脚本貌似也是做不了的~哈哈 ...

hi,管理员你好,如果我想自己给自己的非生物简单系统建立一个新的GMX输入文件(gro,itp),大概要怎么做呢。
发表于 2016-10-20 16:05:20 | 显示全部楼层
怎么不能用
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