PyMol能否比较并显示不同蛋白质氨基酸残基

shangrf1974

各位群友好，我想用PyMol比较人和动物的乙酰胆碱酶活性部位氨基酸残基的不同之处，如下图那样所示。不知道PyMol如何操作，请各位大神们不惜赐教。谢谢！file:///C:/Program%20Files/Tencent/QQ/Users/935515275/Image/Image1/G92$XKAFEZYO8J70AM6%258JV.jpg

forpal

做个align 然后把活性部位氨基酸显示出来

川大-灰太狼

forpal 发表于 2013-11-13 19:14

                               
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做个align 然后把活性部位氨基酸显示出来

楼上正解 呵呵 支持

shangrf1974

请问下，PyMol如何做align啊，能详细说明一下吗

bigben446

到其他地方抄的

align performs a sequence alignment followed by a structural alignment, and then carrys out zero or more cycles of refinement in order to reject structural outliers found during the fit. For comparing proteins with lower sequence identity, an alignment program like, Cealign might be a better choice.
align does a BLAST-like BLOSUM62-weighted dynamic programming sequence alignment followed by a series of refinement cycles intended to improve the fit by eliminating pairing with high relative variability (e.g. >2 standard deviations from the cycle's mean deviance).

align 可以把兩個結構做最佳的 fitting，常用於相似結構的比對。打開 1TAD 右方的 Actions -> align，由於我們是要跟另一個分子 1TAG 做 alignment，所以選擇 to molecule -> 1TAG。同理，您可以做 selection 之間的 alignment。


align (source), (target)   #the source object will be moved and rotated to fit the target object
例如： align (prot1 and chain A), (prot2 and chain B)   按整条链叠合
align mol1 & resi N1, mol2 & resi N2   按某一个残基叠合
align mol1 & resi N1-N2 & name n+ca+c+o，mol2 & resi N3-N4 & name n+ca+c+o  按某段残基的主链进行叠合
在align的过程中会产生一个root mean square deviation (RMSD),这个值可在一定程度上衡量alignment的效果。

两个蛋白质三维结构的比对
PyMol>align ori, mut                                                                          # ori, mut分别为2个蛋白质结构的对象
或PyMol>cealign ori, mut                                                                   # 使用cealign比对，比align更准确