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[Gromacs] gromacs小分子的itp文件中的电荷修改问题和高斯优化问题

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发表于 2013-11-6 16:27:04 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我的小分子mol2格式,如图一所示:但用高斯优化后就变成如图二所示,c-n键发生了变化,请问大神这种问题怎么解决?其中我想用高斯优化后的电荷来代替在线生成的itp文件中的电荷,但化学键发生了变化,电荷应该有点问题,所以没办法往下进行了。还有一个问题是:高斯优化后的log文件中的电荷,要么是全氢,要么是没有氢,而在线生成的itp文件中的氢原子是部分氢,怎样才能实现对应的替换?关于电荷修改问题一篇文献中介绍过了,但没看太明白,想通过高斯进行解决,希望尽快得到大家的帮助,让实验尽快进行下去,非常感谢!



                               
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发表于 2013-11-6 16:58:16 | 显示全部楼层

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这个如果你在gaussian设置没有问题的话,应该没有问题,只是你贴图的技术太高了,你是故意两个反着放的么~~
 楼主| 发表于 2013-11-6 17:09:53 | 显示全部楼层
leos 发表于 2013-11-6 16:58
这个如果你在gaussian设置没有问题的话,应该没有问题,只是你贴图的技术太高了,你是故意两个反着放的么~~ ...

呵呵,没注意,直接截图贴上去了,我只是用高斯优化一下得到比较准确的电荷,工作类型选择的是优化,method中选用DFT,B3LYP, basic set选择的是6-31G,电荷是零,单自旋,这样设置不对吗?
发表于 2013-11-6 21:15:42 | 显示全部楼层
0703114邓 发表于 2013-11-6 17:09
呵呵,没注意,直接截图贴上去了,我只是用高斯优化一下得到比较准确的电荷,工作类型选择的是优化,meth ...

应该没有问题~~
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